بررسی ژنومی ساختار جمعیتی و ارتباط فیلوژنتیکی گاومیش نژاد خوزستانی

زمینه مطالعاتی: باتوجه به اهمیت گاومیش در جهت سازگاری با محیط­های خشک، مقاومت در برابر بیماری­ها، پایین بودن هزینه­های نگهداری و استفاده موثر از  مواد خشبی کم ارزش در جهت تولید مواد پروتئینی با ارزش، ارتقا ژنتیکی آن حائز اهمیت فراوانی است. هدف:  این تحقیق به منظور یافتن فواصل ژنتیکی گاومیش­های مناطق مختلف خوزستان و ارتباط ژنتیکی آنها به کمک آرایه چندشکلی تک نوکلئوتیدی اجرا شد. روش کار: در این مطالعه از تعداد ۱۲۱ راس گاومیش از  گله­هایی که تحت پوشش سیستم ثبت مشخصات و رکوردگیری شیر در شهرستان­های اهواز، دزفول، شادگان، شوش، شوشتر، دشت آزادگان، کرمانشاهی با منشاء خوزستانی و سایر مناطق  بودند، نمونه­گیری شد. نمونه­ها با استفاده از تراشه ژنومی اختصاصی گاومیش با تعداد ۹۰ هزار نشانگرSNP  تعیین ژنوتیپ شدند. سپس جایگاه­های با حداقل فراوانی آللی کمتر از ۰۱/۰، تعادل هاردی واینبرگ کمتر از ۶-۱۰ و نرخ خوانش کمتر از ۰۵/۰ کنار گذاشته شدند. داده­ها بکمک روش­های آماری چند متغییره همچون آنالیز مولفه­های اصلی مورد کنکاش قرار گرفتند. نتایج: نتایج آنالیز روابط فیلوژنتیکی نشان داد گاومیش­های اهواز بدلیل مرکزیت، متاثر از گاومیش­های سایر نقاط استان می­باشند، ولی گاومیش­های شوشتر و دزفول و دشت­آزادگان، نسبت به اهواز اختلاط کمتری دارند. با استفاده از آنالیز مولفه­های اصلی نتایج فوق تایید شد. جهت بررسی الگو و ساختار ژنتیکی برای جمعیت­های گاومیش استان خوزستان ارزش­های  FSTبرای هر SNP به روش نااریب تتا محاسبه گردید. بیشترین میانگین ارزش FST بین جمعیت مربوط به گاومیش­های شهرستان­های دشت­آزادگان و شادگان به ترتیب ۰۱۵۹/۰ و ۰۱۴۷/۰ و کمترین مربوط به شهرستان­های اهواز و شوش به ترتیب ۰۰۸۷/۰ و ۰۰۸۶/۰ بود. آزمون­های آماری ژنتیکی جمعیتی و تنوع نژادی نشان داد که در درون جمعیت گاومیش­های خوزستانی تنوع ­­­‍­ژنتیکی بالایی وجود دارد. نتیجه گیری نهایی: نتایج گرافیکی آزمون­های خوشه­بندی و انتساب حاکی از وجود حداقل ۳ زیر جمعیت نسبتا مجزا در گاومیش­های خوزستان می باشد. نتایج این تحقیق در مورد تنوع ژنتیکی مشاهده شده در سطح نوکلئوتیدها و فاصله ژنتیکی بین گروه­های جمعیتی گاومیش استان، در مطالعات بعدی همچون تشکیل جمعیت­ پایه گاومیش خوزستان  و انتخاب ژنومیکی شایسته توجه هستند.

Keywords:

آنالیز مولفه های اصلی , پویش کل ژنومی , تنوع تک نوکلئوتیدی , گاومیش خوزستانی