شناسایی و بررسی عناصر متحرک (Transposable Elements) در ژنوم شترهای دو کوهانه ایرانی
Publish place: Journal of agricultural biotechnology، Vol: 12، Issue: 4
Publish Year: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 359
This Paper With 18 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOAGK-12-4_003
تاریخ نمایه سازی: 11 مرداد 1400
Abstract:
هدف: حدود نیمی از ژنوم انسان توسط توالیهای تکراری پوشش داده شده است. این توالیها در ژنوم پستانداران دیگر نیز دارای سهم بسزایی بوده و از اینرو مطالعه این بخش ازژنوم میتواند اطلاعات ارزشمندی را در زمینه تکامل در اختیار محققین قرار دهد. این تحقیق با هدف توالییابی و گردآوری کل ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی برای شناسایی عناصر متحرک و مطالعه میزان پراکنش آنها در ژنوم این گونه، طراحی و اجرا شد. همچنین نتایج مربوط به شترهای دوکوهانه ایرانی، با شترهای دوکوهانه غیرایرانی و شترهای تک کوهانه مورد مقایسه قرار گرفت. مواد و روشها: در این مطالعه ژنوم ۶ نفر شتر دوکوهانه ایرانی برای شناسایی عناصر متحرک توالییابی شد. توالییابی کل ژنوم شترهای دوکوهانه با استفاده از پلتفرم Illumina HiSeq ۲۰۰۰ و به صورت دو انتها انجام گرفت. برای کنترل کیفیت و پالایش خوانشهای خام از به ترتیب از نرم افزارهای FastQC و Trimmomatic استفاده شد. با استفاده از برنامه CLC Genomics Workbench گردآوری دنوو شترهای دوکوهانه انجام گرفت. جهت شناسایی عناصر متحرک کل ژنوم نیز از روش شناسایی مبتنی بر همولوژی در برنامه RepeatMasker استفاده شد. نتایج: نتایج گردآوری ژنوم های توالی یابی شده نشان داد که اندازه ژنوم در این نمونه ها در محدوده ۹/۱ تا Gb ۹۷/۱ قرار دارد. در پژوهش حاضر، درصد عناصر متحرک در ژنوم شش شتر دوکوهانه مورد مطالعه، به طور میانگین ۸۹/۲۹ از کل ژنوم گزارش شد. در بین عناصر متحرک شناسایی شده، درصد توالیهای LINE برای شترهای دوکوهانه به طور میانگین ۵۸/۱۷ برآورد شد. بطوریکه این توالی ها، بزرگ ترین گروه توالیهای تکراری در شترهای دوکوهانه در مطالعه حاضر بودند. توالیهای تکراری SINE نسبت به LINEها مقدار کمتری داشتند بطوریکه که فقط ۴۵/۳ درصد از کل ژنوم شترهای مورد مطالعه را به خود اختصاص دادند. مطابق با نتایج شترهای تک کوهانه ایرانی، هیچ عنصر Alu در ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی نیز شناسایی نشد. نتیجهگیری: کمبود اطلاعات ژنومیکی و زیستی در مورد شترها، یکی از عوامل بازدارنده در پیشبرد اهداف و برنامه های اصلاح نژادی در این گونه به حساب می آید. هرچند این مطالعه به تنهایی کافی نیست اما می تواند گامی برای شروع تولید داده های ژنومیکی برای شترها باشد. ادامه این نوع مطالعات و تجمیع اطلاعات زیستی و ژنومیکی در واقع زمینه را برای شروع اصلاح نژاد نوین در شترهای ایرانی فراهم خواهد کرد.
Keywords:
Authors
ناهیده زارع
علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
نعمت هدایت ایوریق
استادیار گروه علوم دامی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه محقق اردبیلی.
رضا سیدشریفی
دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
رضا خلخالی ایوریق
علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :