مقایسه تنوع جمعیت باکتری های همراه بلوط ایرانی در دو روش شناسایی مبتنی بر کشت و مستقل از کشت (متاژنومیکس)
Publish place: Journal of agricultural biotechnology، Vol: 14، Issue: 1
Publish Year: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 383
This Paper With 26 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOAGK-14-1_002
تاریخ نمایه سازی: 30 فروردین 1401
Abstract:
هدف: در طی یک دهه گذشته حدود ۳۰-۲۰ درصد جنگلهای زاگرس با معضلی به نام زوال بلوط مواجه شدهاند. تحقیق حاضر با هدف بررسی تنوع باکتریایی مناطق جنگلی سالم و زوال یافته از طریق مقایسه نتایج دو روش مبتنی بر کشت و مستقل از کشت طراحی و انجام شد. مواد و روش ها: از بافتهای مختلف درختان بلوط و خاک اطراف آنها در جنگلهای مناطق مختلف استان ایلام نمونه برداری انجام شد. در روش مبتنی بر کشت با استفاده از روشهای میکروبیولوژی و مولکولی، باکتریهای موجود در نمونهها جداسازی و شناسایی تا سطح جنس و گونه شناسایی شدند. به منظور مطالعه متاژنومیکس در روش مستقل از کشت، DNA میکروبی به طور مستقیم از نمونهها استخراج و با آماده سازی کتابخانه متاژنومی با استفاده از آغازگرهای عمومی و نشانگر، تنوع باکتریایی با استفاده از پلتفرم Miseq کمپانی Illumina مورد بررسی قرار گرفت و در ادامه نتایج دو روش مورد مقایسه قرار گرفت. نتایج: بر اساس روش مبتنی بر کشت، تنها ۳ فیلوم شناسایی شد، در صورتیکه در روش متاژنومیکسی، تعداد ۹۴۱۶ OTU بدست آمد که به ۱۲ فیلوم تقسیم بندی شدند. در هر دو روش ۳ خانواده Bacillaceae، Enterobacteriacea و Xanthomonadaceae به عنوان خانوادههای غالب مشاهده شدند. تنوع گونهایی در یک نمونه (تنوع آلفا) در نمونه رایزوسفر و در مناطق ایوان و گله جار نسبت به سایر نمونهها بیشتر بود که در روش مبتنی بر کشت نیز این دو منطقه از تنوع گونهای بیشتر برخوردار بودند. تنوع گونهایی در بین نمونهها (تنوع بتا) در مناطق ایوان، گلهجار، چوار، تنگدالاب و ارغوان از نظر ترکیب گونهای مشابه بودند. اما جامعه باکتریایی ساقه و برگ نسبت به سایر نمونهها شباهت بیشتری داشتند و بالک و رایزوسفر هم از نظر ترکیب گونهای شباهت بیشتری با یکدیگر داشتند. نتیجه گیری: در روش متاژنومیکس جنسهای با تنوع خیلی کم هم شناسایی میشود در صورتیکه در روش مبتنی بر کشت احتمال این موضوع ضعیف است. ضمنا در روش مستقل از کشت میتوان تنوع آلفا و بتا را به شکل جامعتری بررسی کرد. در روش مبتنی بر کشت میتوان جمعیت باکتریایی را تا سطح گونه شناسایی کرد در صورتیکه در روش مستقل از کشت معمولا تا سطح جنس شناسایی میشود. لذا پیشنهاد میشود در مطالعات بررسی جوامع میکروبی ترکیب دو روش مبتنی و مستقل از کشت همزمان استفاده شود.
Keywords:
Authors
الهه احمدی
دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی جنگل، گروه جنگلشناسی و اکولوژی جنگل دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان.
داود آزادفر
نویسنده مسئول: دانشیار، گروه جنگلشناسی و اکولوژی جنگل دانشکده علوم جنگل دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، گرگان، ایران
مژگان کوثری
کرج پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران
غلامرضا صالحی جوزانی
استاد، گروه بیوتکنولوژی میکروبی پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی ایران (ABRII)، کرج، ایران
مسعود توحیدفر
دانشیار، دانشکده علوم و زیست فنآوری، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران.
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :