شناسایی SNPها در ژن های پکتین استراز ۱ و پلی گالاکتوروناز گوجه فرنگی
Publish place: Journal of Crop Breeding، Vol: 14، Issue: 42
Publish Year: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 145
This Paper With 10 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JCB-14-42_015
تاریخ نمایه سازی: 22 مرداد 1401
Abstract:
چکیده مبسوط
مقدمه و هدف: گوجه فرنگی (Solanum lycopersicum L.) یکی از مهمترین گیاهان زراعی متعلق به خانواده Solanaceae می باشد. گوشتی بودن میوه از صفات مهم موثر در کیفیت میوه گوجه فرنگی بوده و توارث کمی دارد. از جمله ژنهای دخیل در گوشتی بودن میوه گوجه فرنگی ژنهای پکتین استراز ۱ (PE۱) و پلی گالاکتوروناز (PG) می باشد. با توجه به نقش مهم این ژنها در کیفیت میوه گوجه فرنگی، شناسایی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (SNPs) در مناطق کد کننده این ژنها برای تولید نشانگرهای عملکردی مرتبط با سفتی میوه ضروری می باشد.
مواد و روش ها: در این مطالعه ۹۶ ژنوتیپ از ۱۲ جمعیت جمع آوری شده از مناطق مختلف استان آذربایجان غربی (ایران) و ترکیه در گلخانه تحقیقاتی دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه کشت شد. برای شناسایی SNPها در ژن های PE۱ و PG، آغازگرهای اختصاصی با استفاده از نرم افزار FastPCR برای تکثیر قطعاتی از مناطق کدکننده این ژن ها در ۹۶ ژنوتیپ گوجه فرنگی طراحی شد. برای هضم قطعات تکثیر شده دو ژن از آنزیم های برشی Pst۱ و TruI استفاده شد. با توجه به عدم وجود چندشکلی در الگوهای برشی حاصل از هضم آنزیمی، چهار فرد از جمعیتهای مختلف انتخاب و قطعه تکثیری در این افراد خالص سازی و توالی یابی شد. بعد از بازیابی قطعه تکثیری هر ژن، شناساییSNPها با استفاده از همردیفی توالی های هر ژن با نرم افزار Clustal Omega انجام گرفت.
یافته ها: بر اساس نتایج همردیفی، در ژن PE۱ چهار SNP شناسایی شد که ۷۵ درصد آنها از نوع همجنس با فراوانی ۵۰ درصد A/G، ۲۵ درصد T/C و ۲۵ درصد جهشها از نوع ناهمجنس C/A بود. در ژن PG شش SNP شناسایی شد که ۶۶/۷ درصد آنها از نوع همجنس با فراوانی ۳۳/۳ درصد A/G، ۳/۳۳ درصد T/C و ۳/۳۲ درصد جهش ها از نوع ناهمجنس با فراوانی ۱۶/۱۶ درصد T/A و ۱۶/۱۶ درصد G/C بود.
نتیجه گیری: به طور کلی نتایج مطالعه حاضر نشان داد که میانگین تعداد SNPها در هر ۱۰۰ جفت باز از اگزون ژن های PE۱ و PG به ترتیب ۱/۲۲ و ۰/۴۱ است. همچنین فراوانیSNP ها در ژن PG کمتر از PE۱ بود. تعداد کم SNP های مشاهده شده در اگزون های هر دو ژن نشانگر حفاظت شدگی مناطق کد کننده این ژن ها در طول تکامل گوجه فرنگی می باشد. همچنین SNP های شناسایی شده در مطالعه حاضر می تواند در برنامه های اصلاحی گوجه فرنگی برای معرفی نشانگرهای عملکردی مرتبط با سفتی میوه مورد استفاده قرار گیرد.
Keywords:
Fruit fleshiness , Single nucleotide diversity , Pectin esterase ۱ gene , Polygalacturonase gene , Tomato , تنوع تک نوکلئوتیدی , ژن پکتین استراز ۱ , ژن پلی گالاکتوروناز , گوشتی بودن میوه , گوجهفرنگی
Authors
شیرزاد ایراهیمی
Department of Plant Production and Genetics, Faculty of Agriculture, Urmia University
امیر فیاض مقدم
Department of Plant Production and Genetics, Faculty of Agriculture, Urmia University
بابک عبدالهی مندولکانی
Department of Plant Production and Genetics, Faculty of Agriculture, Urmia University
سمانه علیاری
Department of Plant Biotechnology and Breeding, Faculty of Agriculture, University of Tabriz
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :