تجزیه داده های ژنومی حاصل ازk SNP chip ۷۰ جهت شناسایی جایگاه های مرتبط با تمایز دو نژاد اسب کرد و کاسپین با استفاده از جاروب انتخاب

محدثه نصیرپور; محمد مرادی شهر بابک; حسین مرادی شهر بابک; حسن مهربانی یگانه; یونس دوستی

تجزیه داده های ژنومی حاصل ازk SNP chip ۷۰ جهت شناسایی جایگاه های مرتبط با تمایز دو نژاد اسب کرد و کاسپین با استفاده از جاروب انتخاب

Publish place: Research on Animal Production، Vol: 14، Issue: 39

Publish Year: 1402

Type: Journal paper

Language: Persian

This Paper With 9 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Certificate
I'm the author of the paper

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/1676650

Document National Code:

JR_RAP-14-39_017

Index date: 17 June 2023

تجزیه داده های ژنومی حاصل ازk SNP chip ۷۰ جهت شناسایی جایگاه های مرتبط با تمایز دو نژاد اسب کرد و کاسپین با استفاده از جاروب انتخاب abstract

چکیده مبسوط مقدمه و هدف: انتخاب طبیعی و مصنوعی در جهت افزایش فراوانی آلل های مطلوب در جمعیت های حیوانی، سبب برجای ماندن برخی نشانه ها در ژنوم حیوانات می شود که معمولا با صفات مهمی در ارتباط هستند. امروزه با پیشرفت توالی یابی نسل جدید و دسترسی آسان تر به اطلاعات ژنومی حیوانات، مدل هایی برای شناسایی نشانه های انتخاب بر پایه فراوانی آللی و طول هاپلوتیپی ارائه شده است. در این پژوهش نشانه های انتخاب متمایزکننده دو جمعیت اسب نژاد کرد و کاسپین با استفاده از تراشه k۷۰ مورد بررسی قرار گرفت. مواد و روش ها: در این تحقیق از ۳۵ راس اسب نژاد کاسپین و ۳۱ راس اسب نژاد کردی نمونه خون جمع آوری شد. پس از استخراج DNA و تعیین توالی (توسط شرکت ایلومینا) کنترل کیفی داده ها برای فراوانی آلل حداقل )۰/۰۱pMAF< ( و نرخ تعیین ژنوتیپ )۰/۰۵ (pGENO< و انحراف از تعادل هاردی-واینبرگ) ۶- ۱۰×۱PH-W< ) انجام شد. در ادامه کنترل کیفی با استفاده از آزمون تتا (θ) انجام گرفت و با استفاده از سایت Ensemble به شناسایی جایگاههای SNPها پرداخته و در نهایت ژنهای مرتبط با این جایگاه ها مشخص شدند. یافته ها: پس از انجام کنترل کیفیت داده های ژنومی و ادغام اطلاعات دو جمعیت بر اساس بسته نرم افزاری R ۶۱ اسب با ۵۲۶۵۰ SNP برای ادامه آنالیزها باقی ماندند. در این پژوهش با استفاده از آزمون های آماری Fst به روش براوردگر نااریب تتا در نهایت تعداد ۳۱ نشانگر متمایزکننده دو نژاد اسب مورد مطالعه شناسایی شدند. نتیجه گیری: نتایج نشان داد که دو نژاد اسب کاسپین و اسب کرد در دو دسته جداگانه قرار دارند. نژاد اسب کردی دارای تنوع و پراکندگی بیشتری نسبت به اسب کاسپین بود. از مهم ترین ژن های شناسایی شده مرتبط با جایگاه های معنی دار، ژنهای INPP۵F، HPSE۲، R۳HCC۱، DOCK۳،ITGB۶، GM۶B، PHEX، WDR۱۳، LRCH۲، GRIA۳، THOC۲ بودند. بیشتر ژن های شناسایی شده در این پژوهش با تبادلات بین سلولی، انقباضات ماهیچه ای، ایمنی، پشتیبانی غشا پایه، پایداری DNA، سیستم عصبی در ارتباط بودند.

تجزیه داده های ژنومی حاصل ازk SNP chip ۷۰ جهت شناسایی جایگاه های مرتبط با تمایز دو نژاد اسب کرد و کاسپین با استفاده از جاروب انتخاب Keywords:

Caspian horse , Fst , Kurdish horse , PCA , Selective signatures , اسب کاسپین , اسب کردی , نشانه های انتخاب , Fst , PCA

تجزیه داده های ژنومی حاصل ازk SNP chip ۷۰ جهت شناسایی جایگاه های مرتبط با تمایز دو نژاد اسب کرد و کاسپین با استفاده از جاروب انتخاب authors

محدثه نصیرپور