بررسی حضور توالیهای ساده تکراری SSR در پایگاه EST های چغندر قند Betavulgaris L.
Publish place: 3rd Iranian Agricultural Biotechnology Conference
Publish Year: 1391
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: Persian
View: 604
متن کامل این Paper منتشر نشده است و فقط به صورت چکیده یا چکیده مبسوط در پایگاه موجود می باشد.
توضیح: معمولا کلیه مقالاتی که کمتر از ۵ صفحه باشند در پایگاه سیویلیکا اصل Paper (فول تکست) محسوب نمی شوند و فقط کاربران عضو بدون کسر اعتبار می توانند فایل آنها را دریافت نمایند.
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
AGRIBIOTECH03_077
تاریخ نمایه سازی: 27 تیر 1392
Abstract:
میکروساتلایتها، توالیهای تکراری 6 - 1 نوکلئوتیدی هستند که در ژنوم اکثر موجودات یوکاریوت حضور دارند. گزارش شده است که فراوانی توالی های ساده تکراری SSR در نواحی رونوشت برداری شده نظیر EST ها (نواحی بیان شونده ژنومی) بیشتر از سایر نواحی ژنومی است. به منظور بررسی میزان فراوانی توالیهای ساده تکراری در پایگاه EST های چغندر قند از مجموع 2884 توالی EST سالهای 2011 - 2008 به دست امده بعد از حذف توالی های مشابه برای جستجوی SSR های 6-2 نوکلدوتیدی مورد استفاده قرار گرفت. حداقل تعداد تکرار برای توالی های دو نوکلئوتیدی 6 سه نوکلئوتیدی 5 و بیشتر از ان 4 در نظر گرفته شد. توالی ها در 1697 توالی منفرد و 450 کانتیگ (2 تا 13 توالی مشابه یا همپوشان در هر کانتینگ ) قرار گرفتند. در مجموع 166 توالی 7/73 درصد حاوی SSR بودند که نشان می دهد به طور متوسط یک SSR در هر kb 8/497 حضور دارد. بیشترین فراوانی مربوط به توالی های سه نوکلدوتیدی 49/4 درصد و دو نوکلدوتیدی 36/14 درصد و کمترین آن پنج نوکلدوتیدی 3/01 درصد می باشد. موتیف های TC/GA و CAA/TTG به ترتیب با 29/5 و 8/43 درصد کل SSR های یافت شده فراوانترین موتیف های تکراری بودند. نتایج نشان داد پایگاه EST ها در چغندر پتانسیل بالایی جهت جستجوی SSR ها داشته و با شناسایی آنها زمینه برای توسعه نشانگرهای پلی مورف فراهم می شود.
Keywords:
Authors
محمدحسین صفری
دانشجوی کارشناسی ارشدگروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دان
اصغر میرزائی اصل
استادیار گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی
علی دلجو
استادیار گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی
فرشاد دشتی
استادیار گروه باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی سینا
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :