ارزیابی الگوریتم fuzzy c-mans در گروه بندی پروتئین های پاسخگو به شوری در گیاه برنج

به منظور حاشیه نگاری کارکردی بر هر پروتئین پاسخگو در روش های پروتئومیکس می توان روابط هم بیانی آنها را با استفاده از روش های مختلف آماری و گروه بندی تعیین کرد. نتایج حاصل از بررسی گروه بندی ها، منجر به درک ساده تر و بهتر داده های پروتئوم می شود و می تواند منجر به کشف کارکرد پروتئین هایی که گزارشی در م ورد عملکرد آنها وجود ندارد شود. یکی از روشهای طبقه بندی داده ها با استفاده از منطق فازی، روش (fuzzy c-means ( FCM است. در روش FCM انتخاب مناسب دو معیار تعداد کلاستر و درجه فازی بسیار اساسی بوده و انتخاب نامناسب آن منجر به پیچیده شدن ارزیابی نتایج حاصل از گرو بندی می شود. این در حالی است که روش های متعددی برای تعیین این مقادیر وجود داشته و انتخاب بهترین مقدار عددی برای آنها از مشکلات استفاده از این روش محسوب می شود. در این تحقق داده های حاصل از بیان 112 پروتئین پاسخگو به تنش شوری در دو انشعاب مختلف ریشه برنج مورد طبقه بندی با روش FCM قرار گرفت. تعیین درجه فازی با یکی از الگوریتم های گزارش شده و تعیین بهترین تعداد کلاستر با استفاده از نرم افزار Fuzzy ART صورت گرفت. در این مطالعه رابطه ای برای تعیین بهترین مقدار پارامتر کشیک (Vigilance parameter) معرفی شد که با استفاده از آن می توان به بهترین تعدادکلاستر دست یافت. نتایج این تحقیق نشان داد روش های معرفی شده برای تعیین مقادیر پارامترهای مورد نیاز روش FCM با داده های حاصل از پروتئوم سازگار است.

Keywords:

, fuzzy c-mans , تعداد کلاستر , مقدار درجه فازی