بررسی پاسخ گیاه جو به تنش خشکی با استفاده از دادههای EST
Publish place: 4th Iranian Conference on Bioinformatics
Publish Year: 1391
Type: Conference paper
Language: Persian
View: 1,186
این Paper فقط به صورت چکیده توسط دبیرخانه ارسال شده است و فایل کامل قابل دریافت نیست. برای یافتن Papers دارای فایل کامل، از بخش [جستجوی مقالات فارسی] اقدام فرمایید.
نسخه کامل این Paper ارائه نشده است و در دسترس نمی باشد
- Certificate
- I'm the author of the paper
این Paper در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:
Export:
Document National Code:
IBIS04_147
Index date: 5 September 2014
بررسی پاسخ گیاه جو به تنش خشکی با استفاده از دادههای EST abstract
تنشهای غیر زیستی موجب از بین رفتن بخش زیادی از تولیدات کشاورزی میشوند. میزان بارندگی و پراکنش نامطلوب آن موجب شده تا تنش خشک ی ب ه عنوان یکی از مهم ترین عوامل محدودکننده تولید محصولات زراعی در اراضی خشک و نیمه خشک مورد توجه قرار گیرد. گیاه جو(Hordeum vulgare L.) در مقایسه با سایر غلات بیشترین مقاومت را به خشکی نشان می دهد. این تحقیق به منظور بررسی تاثیر تنش خشکی در گیاه جو با استفاده از تجزیه وتحلیل دادههای EST (برچسب توالیهای بیان شده) ریشه و ساقه انجام شد. داد ههای چهار کتابخانه که شامل ESTهای مربوط به ریشه و ساقه گیاه جو درشرایط شاهد و تنش خشکی بودند از قسمت Unigene پایگاه داده NCBI، استخراج گردید. جهت گروه بندی توالیهای مشابه از نرم افزارEGassembler استفاده شد. کانتیگها و سی نگلتونهای حاصل از همگذاری توالی ها، جهت تعیین گروههای کارکردی در برابر بانک پروتیی نهای گیاه آرابیدوپسیس بااستفاده از نرم افزار CLC Protein Workbench، بلاست X شدند و توالیهای مشابه با کانتیگ ها و سین گلتونهای مورد نظر باEvalue≤10E-5 شناساییگردید. جهت بررسی نوع عملکرد توالیهای شناسایی شده از بانک گیاه آرابیدوپسیس (Tair) استفاده شد. نتایج حاصل از بررسی تعداد ژن های بیان شده دراجزای مختلف سلولی ریشه نشان داد که تنش خشکی منجر به افزایش تعداد ژنهای بیان شده در پلاستید و پلاستها به ترتیب به میزان74 و 43 درصد وکاهش تعداد ژنهای بیان شده در میتوکندری به میزان 11 درصد میشود. بر اساس نتایج بررسی ساقه در شرایط تنش خشکی، تعداد ژ نهای بیان شدهمربوط به میتوکندری و سیتوپلاسم به ترتیب 23 و 62 درصد نسبت به شاهد افزایش نشان داد. بیشترین میزان افزایش در تعداد ژنهای بیان شده مربوط بهریبوزوم بود که در شرایط تنش خشکی بیش از دو برابر افزایش یافت. تعداد ژن های بیان شده ساقه برای هسته و غشای پلاسمایی به ترتیب82 و22 درصدکاهش نشان دادند. در زمینه عملکرد مولکولی، عوامل رونویسی 13 درصد کاهش و پروتئینهای متصل شونده به اسیدهای نوکلئیک به ترتیب71 و 35 درصد در ریشه و ساقه کاهش داشتند و تعداد مولکولهای ساختاری در ساقه بیش از دو برابر شده بود. در گروهبندی عملکردی بر اساس فرآیندهای زیستی،متابولیسم DNA یا RNA در ریشه 73 درصد افزایش و در ساقه 14 درصد کاهش، ژنهای پاسخ دهنده به استرس به میزان 51 درصد در ریشه کاهش و درساقه افزایش و عوامل انتقال الکترون یا مسیر انرژی در ساقه 34 درصد افزایش تعداد بیان را در شرایط تنش از نشان دادند. نتایج بیانگر تفاوت بیان ژ نهایسلولی در بافتهای مختلف گیاه جو در شرایط تنش خشکی بود. در ادامه برای تعیین بیان افتراقی ژن ها، بین کتابخانههای ذکر شده، از نر مافزارIDEG6 استفاده شد. برای ریشه و ساقه 2574 و 3431 EST دارای کد Unigene انتخاب و با این نرمافزار مورد آنالیز آماری Audic&Claverieقرار گرفتند که درشرایط تنش خشکی و نرمال، تفاوت بیانها در سطح پنج درصد معنیداری تعیین گردید. پروتیین های شبه تیونین پپتید، شبه جاکالین لکتین و متالوتیونین در ریشه و استوهیدروکسی اسید، شبه آلانین آمینو ترنسفراز و پیشساز پلاستوسیانین در ساقه کاهش بیان داشتند.
بررسی پاسخ گیاه جو به تنش خشکی با استفاده از دادههای EST Keywords:
بررسی پاسخ گیاه جو به تنش خشکی با استفاده از دادههای EST authors
محمد مرادی
بخش بیوانفورماتیک پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران
زهراسادات شبر
بخش بیوانفورماتیک پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران
رضا فتوت
دانشکده کشاورزی دانشگاه زنجان
منظر حیدری
بخش بیوانفورماتیک پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران