تکنیکهای مولکولی ابزارهای تشخیصی مدرنی هستند که به اصلاح گران در حل مشکلات عملی کمک می نمایند. برخی از این تکنیکها شامل مارکر های مولکولی، تکنیکهای بلاتینگ و سیستم الکتروفورز دو بعدی می باشند. انها شناسایی ارقام و نژادها، تعیین اختلافات و شباهتهای ژنتیکی در بین جمعیت های اصلاحی موتانت را تسهیل نموده و محاسبه میزان چند شکلی و شناسایی و جداسازی زنهای مسئول صفات مهم و بررسی فعالیت و شدت بیان انها در موجودات موتانت را میسر می سازند. نوع تکنیک مولکولی مورد استفاده در پروژه های موتاسیون بریدینگ به نوع صفت و هدف مورد بررسی (کمی یا کیفی) ، گونه موجود زنده، وجود و یا عدم وجود توالیها و داده های ژنی مرتبط با صفت مورد مطالعه وابسته می باشد. بمظنرو ایجاد یا بهبود صفات هد ف در ژرم پلاسما موجود، از عامل موتاژن فیزیکی معمولا پرتو گاما تر پروژه های موتاسیون بریدینگ استفاده می شود. با توجه باینکه پرتو گاما بطور تصادفی و پراکنده مکانهای مختلفی از ژنوم را هدف قرار می دهد، چد شکلی های ژنی زیادی درموجودات موتانت ایجاد میشود. از طرفی اکثر موتاسیونهای رخداده بر اثر پرتوتابی گاما از نوع هتروزیگوت می باشند یعنی یکی از آللها مغلوب و دیگری غالب خواهد بود. از این رو بهتر است از مارکرهای تصادفی نظیر RAPD , AFLP که مارکرهای غالب بحساب می آیند، در صورت امکان استفاده ننمود. با تمامی ازموارد، اگر ژنوم موجود ناشناخته باشد و یا اطلاعات کیم در رابطه با موجود زنده و ژن و صفت مورد بررسی در دسترس باشد، بناچار از مارکرهای تصافدی استفاده میشود. اگر آغازگرهای اختصاصی ژن مورد بررسی شناخته شده باشد بهتر است از تکنیک های مارکری همبارز و متنوع نظیر SSR یا رتروالمنتی استفاده شود.