بررسی ژنومیکس کارکردی گندم چینی بهاره تحت تنش شوری با استفاده از آنالیز EST
Publish Year: 1394
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: Persian
View: 629
This Paper With 7 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
این Paper در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
PDCONF01_033
تاریخ نمایه سازی: 11 آبان 1395
Abstract:
تنش شوری، یکی از مهم ترین تنشهای محیطی غیر زنده، نقش مؤثری در کاهش تولید محصولات زراعی در جهان دارد. بررسی کارکرد ژنهای پاسخ دهنده به تنش شوری به درک مکانیسم های کلیدی تحمل به تنش شوری کمک می کند. در این پژوهش سعی شده است تا با بررسی توالی های EST کتابخانه های شاهد و تنش شوری گندم چینی بهاره، جهت گیری کارکردی ژنوم در تنش شوری تعیین و ژن های کلیدی و مهم درگیر در پاسخ به شوری شناسایی شوند. توالی های EST از سایت هاروارد جمع آوری شدند. به منظور دسته بندی توالی های EST ،تعیین پروتئین های مرتبط با توالی های مربوط به کانتیگها و سینگلتونها، تعیین گروه های کارکردی و آزمونهای آماری، به ترتیب از بانک اطلاعاتی Egassembler ،بلاست سایت NCBI، سایت موسسه ماکس پلانک و نرم افزار IDEG6 استفاده شد. نتایج نشان دهنده وجود اختلاف معنی دار در هفت گروه کارکردی بین شرایط شاهد و تنش شوری بود. در شرایط تنش فعالیت گروه های کارکردی RNA، misc( خانواده های آنزیمی متفاوت )، cell و not assigned (پروتئینهای ناشناخته و فرضی) افزایش و فعالیت گروه های کارکردی development (نمو)، tetrapyrrole synthesis (سنتز تتراپیرول) ، protein کاهش یافت. بنابراین می توان پیشنهاد کرد که این گروه های کارکردی دارای نقش مهمی در پاسخ به شوری هستند. بررسی بیان ژنها در شرایط شاهد و تنش شوری نشان داد ۵ ژن دارای بیان افتراقی معنی دار بودند. ژن های شناسایی شده در این پژوهش می توانند نامزدهای مناسبی برای بررسی بیشتر جهت اصلاح گیاهان نسبت به شوری باشند.
Authors
زهرا زینتی
استادیار بخش اگرواکولوژی دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی داراب
اسماعیل ابراهیمی
دانشیار پژوهشکده زیست فناوری دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز
عباس عالمزاده
دانشیار بخش زراعت و اصلاح نباتات دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :