بهبود و موازی سازی انطباق دوگانه با استفاده از واحد پردازش گرافیک (GPU)
Publish place: اولین کنفرانس ملی مهندسی کامپیوتر و فناوری اطلاعات
Publish Year: 1395
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: Persian
View: 530
This Paper With 12 Page And PDF and WORD Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
CIICE01_067
تاریخ نمایه سازی: 7 اردیبهشت 1396
Abstract:
انطباق دوگانه ، یکی از اساسی ترین اعمال در بیوانفورماتیک است. توالی هایی که تازه کشف شده اند با استفاده از انطباق دوگانه با توالی های موجود در پایگاه داده، مورد انطباق واقع می شوند. از بین توالی های موجود در پایگاه داده توالی که بیشترین درصد تشابه با توالی مد نظر را دارد، شناسایی شده و ویژگی های زیستی این توالی به توالی تازه کشف شده نسبت داده می شود. بدین طریق بدون این که توالی جدید در آزمایشگاه توسط زیست شناسان مورد بررسی واقع شود، ویژگی های زیستی آن شناسایی می شود. الگوریتمی که برای انطباق دوگانه استفاده می شود، الگوریتم اسمیت-واترمن است. این الگوریتم از روش برنامه ریزی پویا استفاده می کند]8،12[. این الگوریتم برای دو توالی به طول mو n دارای پیچیدگی O(m × n)است]6[. زمانی که تعداد توالی ها افزایش یابد، زمان اجرای این الگوریتم به صورت نمایی افزایش می یابد. از راه کارهای متعارف نمی توان نتایج مورد قبول به دست آورد. از این رو راه کارهایی جهت تسریع انطباق توالی ها به شدت مورد توجه قرار گرفته است. بدین منظور الگوریتم هایی که جهت انطباق مورد استفاده قرار می گیرند به صورت موازی، پیاده سازی شده اند. در میان روش های مختلف موازی سازی، استفاده از سخت افزار واحد پردازش گرافیک GPU به علت ارزان بودن، کانون توجهات قرار گرفته است. الگوریتم اسمیت-واترمن شامل هزاران عملیات ماتریسی است که قابلیت پیاده سازی روی GPUرا دارد.
Keywords:
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :