به طور کلی از مهمترین اهداف تصفیه فاضلاب ها می توان به کنترل آلودگی محیط زیست، جلوگیری از شیوع بیماری های عفونی و مزمن، حفظ زیبایی محیط زیست و امکان استفاده مجدد از پساب اشاره نمود. در این راستا فاضلاب بیمارستانی حاوی عوامل پاتوژن و میکرو ارگانیزم های مختلفی است که ضرورت توجه بیشتر به این منابع آلاینده را آشکار می سازد. در صورتی که فاضلاب های بیمارستانی به نحو مناسبی تصفیه شوند می توان از فاضلاب تصفیه شده جهت مصارف کشاورزی استفاده نمود . گسترش شهرها و افزایشجمعیت، سرعت روند ایجاد انواع موسسات و مراکز درمانی از جمله بیمارستان های عمومی و تخصصی، مراکز بهداشتی و درمانی، داروخانه ها،آزمایشگاه های تشخیص طبی و کنترل کیفیت دارویی و غذایی، رادیولوژی ها و... را به سرعت افزایش داده است. هم چنین افزایش جمعیت و به طبع آن تعداد بیماران، پیشرفت علم پزشکی و دارویی و مصرف سرانه بالای دارو و مصرف داروهای جدید و پیچیده تر باعث تغییر در کیفیت و ویژگی های فاضلاب بیمارستانی گردیده است. این در صورتی است که تاثیر بسیاری از این مواد بر شبکه فاضلاب شهری و محیط زیست هنوز مشخصنیست و معمولاً این مواد سمی وارد شبکه جمع آوری و تصفیه خانه ای می شوند که به روش بیولوژیکی فاضلاب را تصفیه می کند.