در فرآیند
فعالیت های کشاورزی خسارات قابل ملاحظه ای به
محیط زیست وارد می شود. این خسارات هزینه هایی را به اشکال گوناگون به کل نظام اقتصادی تحمیل می کند. برخی از آثار منفی فعالیت های بخش کشاورزی در استفاده بی رویه از منابع آب، خاک و نهاده های کشاورزی و همچنین به خطر افتادن سلامتی افراد جامعه قابل مشاهده است. هرگونه کاهش تخریب منابع پایه از قبیل آب، خاک، هوا به دلیل گسترش بخش کشاورزی شاید بتواند در کوتاه مدت منافعی را برای بخش کشاورزی عاید سازد، ولی این امر در بلند مدت نمی تواند هدف اصلی برنامه های توسعه ملی و بخشی را برای افزایش رفاه عمومی میسر سازد. بنابراین حفظ منافع بلندمدت کشاورزی در گرو حفظ و بقاء منابع طبیعی و اکوسیستم های طبیعی مربوطه است. برنامه توسعه
فعالیت های کشاورزی زمانی می تواند منافع بلندمدت را برای کشاورزی تضمین نماید که به مسیله پایداری اکوسیستم ها و منابع طبیعی توجه نماید. لذا بکارگیری هر راهبردی که به کاهش آثار جانبی بخش کشاورزی و در نتیجه کاهش خسارت به اکوسیستم ها و حفظ سلامتی افراد بیانجامد پایداری کشاورزی را تضمین می نماید.در این راستا استفاده از ابزارهای اقتصادی مثل تعرفه ها و مالیات های زیست محیطی و منطقی شدن قیمت آب، کود و سم به همراه اتخاذ سیاست های تنظیمی مانند تدوین الگوها و استانداردهای کشت، داشت و برداشت می تواند انگیزه های بیشتری را برای سازگار نمودن فعالیت های بخش کشاورزی با اصول پایداری و کاهش اثرات نامطلوب
فعالیت های کشاورزی را فراهم آورد.