غربالگری توالی های ثبت شده از نواحی بیان شونده ژنوم پرتقال برای تشخیص نشانگرهای مبتنی بر میکروساتلایت
Publish place: 11th Congress of Iranian Horticultural Science
Publish Year: 1398
Type: Conference paper
Language: Persian
View: 492
This Paper With 5 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
BAGHBANI11_619
Index date: 12 October 2019
غربالگری توالی های ثبت شده از نواحی بیان شونده ژنوم پرتقال برای تشخیص نشانگرهای مبتنی بر میکروساتلایت abstract
به منظور شناسایی و تعیین ویژگی انواع توالی های تکراری و توسعه نشانگرهای میکروساتلیتی مبتنی بر آنها، در پژوهش حاضر توالی های رونوشت ثبت شده در بانک داده های اسید نوکلئیک گیاه پرتقال (Citrus sinensis) مورد غربالگری و آنالیز قرار گرفت. بطور کلی 214598 توالی رونوشت مربوط به پرتقال از بانک اطلاعاتی NCBI استخراج و مورد آنالیز قرار گرفت که از بین آنها 5475 عدد حداقل دارای یک ناحیه میکروساتلیتی بودند (بطور میانگین 2/5 درصد از توالی های ثبت شده). درمجموع 5632 توالی تکراری در بین توالیهای بررسی شده وجود داشت که 118 عدد از آنها از نوع توالیهای مرکب بودند. از بین توالیهای مورد آنالیز 3097 عدد دارای مناطق احاطه کننده مناسب بوده و قابلیت تبدیل شدن به نشانگرهای میکروساتلیتی را دارا بودند. نتایج تجزیه توالیهای بررسی شده نشان داد که به ترتیب تکرارهای دوتائی (%45/2)، سه تائی (%30/72) و چهار تائی ( (%23/1 شایع ترین تکرارها در بین تکرارهای موجود در رونوشت های ثبت شده گیاه پرتقال میباشند. روند مشابهی در بین نشانگرهای میکروساتلیتی توسعه یافته مشاهده گردید بطوریکه تعداد نشانگرهایی که برای آنها آغازگر طراحی گردید به ترتیب در مورد تکرارهای دوتائی، سه تائی و چهارتائی، 1168، 1159 و 70 عدد بود. تنوع بالایی هم از نظر نوع توالی در نوع هر تکرار مشاهده گردید، بطوریکه در تکرارهای دوتائی نوع تکرارهای AG/GA بیشترین فراوانی ( (1864 و تکرارهای GC/CG کمترین فراوانی 6) عدد) را به خود اختصاص دادند. با توجه به قابلیت بالای انتقال پذیری نشانگرهای میکروساتلیتی مبتنی بر ESTs، به نظر میرسد نشانگرهای شناسائی شده توانائی بالائی برای شناسایی و گروهبندی انواع مرکبات دارا بوده و در مطالعات مربوط به شناسایی، نقشهیابی و انتخاب به کمک نشانگر در جنس سیتروس مفید واقع شوند.
غربالگری توالی های ثبت شده از نواحی بیان شونده ژنوم پرتقال برای تشخیص نشانگرهای مبتنی بر میکروساتلایت Keywords:
غربالگری توالی های ثبت شده از نواحی بیان شونده ژنوم پرتقال برای تشخیص نشانگرهای مبتنی بر میکروساتلایت authors
عبدالکریم زارعی
گروه بیوتکنولوژی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه جهرم، جهرم
عزیز ابراهیمی
گروه جنگلداری و منابع طبیعی، دانشگاه پوردو، وست لافایت، ایالات متحده آمریکا