مقایسه زبان های برنامه نویسی در محاسبات زیستی

مطالعه پدیده های زیستی به ویژه زیست شناسی مولکولی و ژنومیکس، تعداد توالی های DNA و پروتئین با پیشرفت های زیادی مواجه شده است. سازماندهی، تفسیر، تجزیه و تحلیل داده ها و فهم عملکرد ژن باعث ظهور شاخه ای از علم به نام بیوانفورماتیک شده است. بیوانفورماتیک اهمیت فراوانی در پیشرفت علوم مختلف از جمله زیست شناسی، بیوشیمی، کشاورزی و پزشکی داشته است. بی شک رشد و توسعه بیوانفورماتیک مرهون پیشرفت های علم رایانه علی الخصوص برنامه نویسی است. عملکرد زبان های مختلف برنامه نویسی قبلا با استفاده از الگوریتم های انتزاعی ریاضی محک زده شده ، اما از الگوریتم های استاندارد بیوانفورماتیک استفاده نشده است. هدف از این مطالعه، مقایسه زبان های مختلف برنامه نویسی از جنبه میزان علاقه مندی برنامه و از جنبه عملکرد در مدریت حافظه و سرعت اجرای برخی از الگوریتم های مورد استفاده در بیوانفورماتیک و محاسبات زیستی است. بررسی الگوریتم های ساخت درخت(اتصال همسایه ها)، همردیف سازی توالی ها و بلاست کردن به کمک زبان های Perl ،Java ،C # ،C ++ ، C و Python بیشتر مورد توجه قرار گرفت. C وC++و سپس جاوا عملکرد خوبی در سرعت اجرای الگوریتم های زیست محاسبات و مدیریت حافظه دارند، اگرچه پرل و پایتون احتمالا به خاطر داشتن کتابخانه های تخصصی تر در زمینه های ژنتیک کشاورزی و پزشکی مورد توجه بیشتر برنامه نویسان قرار گرفته اند.

Keywords:

بیوانفورماتیک , برنامه نویسی , زیست محاسبات , کشاورزی