شناسایی فاکتورهای رونویسی جدید در بازبرنامه نویسی فیبروبلاست های موشی به سلولهای پروژنیتور قلبی

بیماری های قلبی یکی از دلایل مرگ و میر در سراسر دنیا هستند که شامل ۳۳ درصد از کل مرگ ها میشوند. سلول های قلبی بعد از انفارکتوس میوکاردیال عملکرد خود را از دست میدهند و تبدیل به بافت اسکار میشوند. استراتژی جدیدی به نام بازبرنامه ریزی یا Transdifferentiation وجود دارد که چگونگی تبدیل یک سلول سوماتیک به یک نوع دیگر سلول، بدون گذر از حالت پرتوان را توضیح میدهد. بنابراین این مطالعه با استفاده از رویکرد های بیوانفورماتیک، به پیدا کردن ژن ها و فاکتورهای رونویسی کمک میکند. دو مطالعه GSE۶۱۴۸۶ و GSE۷۷۳۷۵ از دیتابیس GEO انتخاب شدند و با استفاده از نرم افزار galaxy ، ژنهایی که بیان افتراقی داشتند (DEG) شناسایی شدند. آنالیز DEG ها بوسیله ی EnrichR انجام شد. ژن های افزایش بیان یافته به عنوان ژنهای ویژه پروژنیتورهای قلبی و ژن های کاهش بیان یافته به عنوان ژنهای ویژه سلول های فیبروبلاستی در نظر گرفته شدند. با استفاده از همین دیتابیس، ما توانستیم لیستی از کیناز ها، میکروRNA ها و فاکتورهای رونویسی بالادست ژن های ویژه پروژنیتورهای قلبی را بدست بیاوریم. در هرمرحله، بین ژن های دومطالعه بوسیله ی venny اشتراک گرفته شدند. برای مشاهده ی برهمکنش شبکه ی پروتئین-پروتئین ژن های بالادست از string و نرم افزار cytoskape استفاده شد. CytoHubba به منظور مشخص کردن ۱۰ ژن مهم در شبکه ی PPI استفاده شد. بعلاوه شبکه ی تنظیمی بالادست و برهمکنش بین microRNA ها با DEG های بالادست توسط x۲k و mirtarbase بررسی شدند. نتایج بررسی نسان داد که SUZ۱۲, GATA۴, TBX۵, TBK۱, has-miR-۵۵۵ می توانند در افزایش یازده بازبرنامه ریزی مستقیم نقش بسزایی داشته باشند .امید برآن است که داده های ما دیدگاه جدیدی برای بازبرنامه ریزی مستقیم به پروژنیتورهای قلبی ایجاد کند.

Keywords:

بیوانفورماتیک , بازبرنامه ریزی مستقیم , پروژنیتورهای قلبی , فاکتور نسخه برداری , پروتئین کیناز , متابولیت