شناسایی نشانگرهای زیستی بالقوه برای مولتیپل میلوما با استفاده از آنالیز بیوانفورماتیکی داده های میکرواری

مولتیپل میلوما (MM) سرطانی است که به جای تولید آنتی بادیهای مفید، پروتئین های غیرطبیعی تولید می کند که باعث فعال سازی استئوکلاست ها و سرکوب استئوبلاست ها و از دست دادن استخوان می شود. هدف از این مطالعه چگونگی فعل و انفعالات بین سلولهای میلوم و استئوکلاست ها بود که ممکن است بر روند بالینی میلوما تاثیر بگذارد. داده های میکرو اری GSE۳۱۱۵۴ را از پایگاه داده GEO انتخاب شد. ژن های بیان شده افتراقی (DEGs) با GEO۲R (با مقادیر pvalue <۰.۰۵ و ( logFC -۱.۵ بررسی شدند. تجزیه و تحلیل غنی سازی عملکردی از آنتولوژی ژن (GO) و مسیرهای مرتبط با DEG به ترتیب توسط GO و KEGG انجام شد. برای یافتن فاکتورهای رونویسی (TFs) ، از ChEA استفاده شد. سرانجام، با استفاده از STRING و Cytoscape شبکه تعامل پروتئین و پروتئین (PPI) ژن های با بیان بالا را ساخته شد. DEGها شامل ۲۵۷ و ۷۳۷ ژن به ترتیب با بیان بالا و پایین به دست آورده شد . تجزیه و تحلیل GO نشان داد که DEG ها در فرآیندهای مختلف زیستی (BP) مانند گلوکورونیداسیون سلولی و فرآیند متابولیک اسید رتینوئیک نقش دارند. نوکلئوزوم هسته ای، سانتریول به طور قابل توجهی برای اجزای سلولی (CC) و برای عملکرد مولکولی، فعالیت گلوکورونوزیل ترانسفراز و اتصال اسید رتینوئیک از GO بسیار غنی شده بود. با تجزیه و تحلیل مسیر KEEG الکلیسم آسکوربات و متابولیسم رتینول در میلوما سلول پلاسما مهم هستند. ChEA نشان داد که POU۵F۱، EZH۲، SMAD۴ و BACH۱ برترین TF ها هستند که ژنهای با بیان بالا در مالتیپل میلوما را کنترل می کنند. علاوه بر این HIST۱H۴A, HIST۱H۴C, HIST۱H۴B و HIST۱H۴H به عنوان ژنهای هاب با استفاده از ژنهای با بیان بالا انتخاب شدند. تجزیه و تحلیل نشان داد که مجموعه ژنهای هیستون ممکن است به عنوان عوامل پیش آگهی برای بیماران MM استفاده شود.

Keywords:

میکرواری , ژنهای با بیان بالا , ژن های هاب