شناسایی ژن های کلیدی و مسیرهای بالقوه در سرطان پستان سه گانه منفی با استفاده از تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک

سرطان پستان سه گانه منفی، به سرطان پستانی گفته می شود، که گیرنده استروژن (ER)، گیرنده پروژسترون (PR) وگیرنده فاکتور رشد اپیدرمال انسانی (Her۲) ۲ را بیان نمی کند. به دلیل عدم وجود این گیرنده ها، هیچ عامل هدفمندی اثربخشی گسترده در برابر TNBC (سرطان پستان سه گانه منفی نشان نداده است)، بنابراین، نیاز اساسی برای استراتژی های درمانی فعال تر وجود دارد. این مطالعه با هدف شناسایی ژنهای دارای بیان افتراقی (DEGs) در TNBC و روشن کردن برهمکنش های بالقوه در میان آنها انجام شده است. مجموعه داده ریزآرایه GSE۶۲۹۳۱، که از داده های بیان ژن ۱۰۰ نمونه شامل ۵۳ غیر TNBC و TNBC ۴۷ تشکیل شده است، از پایگاه داده (GEO) گرفته شد. با استفاده از GEO۲R، ژنهای دارای بیان افتراقی با adj P.value <۰.۰۱ و |LogFC| ۱.۵ مشخص شدند. تجزیه و تحلیل GO و KEGG از طریق Enrichr انجام شد. شبکه برهمکنش پروتئینی DEG ها با استفاده از پایگاه داده STRING ایجاد شده، در نرم افزار Cytoscape رسم شد و توسط MCODE مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. برای شناسایی ژنهای hub از cytoHubba استفاده شد. DEG ۱۷۶ با افزایش بیان و ۲۱۷ با کاهش بیان مشخص شدند. این ژنهای با اختلاف بیان معنادار عمدتا در فرآیند بیولوژیکی پاسخ به استرادیول، پاسخ سلولی به محرک استرادیول و توسعه سیستم عصبی نقش دارند. هضم و جذب پروتئین و جذب و تنظیم لیپولیز در سلولهای چربی به ترتیب مهمترین مسیرهای غنی شده برای ژنهای دارای افزایش و کاهش بیان بودند. FOXM۱، EGR۱ و RNF۲، فاکتورهای رونویسی برتر کنترل کننده ژنهای دارای افزایش بیان هستند. ژنهای hub انتخاب شده شامل KIF۲C، KIF۲۰A، CCNA۲ ، NDC۸۰، AURKB و BUB۱ میباشند. این مسیرها و ژنهای شناسایی شده میتوانند به شناخت مکانیسم توسعه TNBC کمک کنند و ممکن است اهداف امیدوار کننده برای درمان TNBC باشند.

Keywords:

فاکتور رونویسی , مسیرهای سیگنال دهی , فرایند بیولوژیکی , ژن های hub