مطالعه بیوانفورماتیک ژنوم استرپتومایسس با نرم افزار تحت وب antiSMASH

استرپتومایسس ها تولید کننده دو سوم آنتی بیوتیک های گروه پلی کتایدسنتازها هستند. ژنوم این گروه از باکتریها هر سه نوع پلی کتایدسنتازها I ، II و III را رمزگذاری میکند. برای شناسایی متابولیت های ثانویه، در این مطالعه از نرم افزار تحت وب antiSMASH برای بررسی خوشه های ژن پلیکتایدسنتازها و پلیسنتازهای غیر ریبوزومی استفاده گردید. توالی ژنوم ۱۸ سویه استرپتومایسس از پایگاه داده NCBI با فرمت GeneBank دریافت و در نرم افزار تحت وب antiSMASH جهت بررسی متابولیتهای ثانویه مورد بررسی قرار گرفت. سویه Streptomyces hygroscopicus subsp. Hygroscopicus بیشترین تعداد خوشه ژن PKS نوع I را دارا بود و ۵ سویه خوشه ژن PKS نوع I را داشتند. PKS نوع I با یک مجموعه آنزیم منفرد مسئول زیست ساخت ساختار پایه پلی کتیدها هستند. PKS های نوع I آنزیمهای چند منظورهای هستند که به ماژول هایی سازمان یافته اند ، که هر یک از آنها دارای مجموعهای از فعالیتهای متمایز و غیر تکرار شونده است که مسئول کاتالیز یک چرخه افزایش زنجیره پلی کتید است که توسط سنتاز -۶ دی اکسیاریترومایسین ( DEBS) B برای بیوسنتز پلی کتیدهای کاهش یافته مانند اریترومایسین است. در بین ۱۸ سویه استرپتومایسس مورد مطالعه فقط سویه Streptomyces globisporus خوشه ژن PKS نوع II و سویه Streptomyces libani subsp . libani strain خوشه ژن PKSنوع III را نداشتند. ۱۱ سویه فقط خوشه ژن PKS نوع III را داشتند. نتایج این مطالعه نشان میدهد که سویه های مختلف استرپتومایسس توانایی بسیار بالایی برای تولید متابولیتهای ثانویه حاصل فعالیت PKS دارند و میتوانند جهت مطالعات آزمایشگاهی مورد توجه ویژه قرار گیرند.

Keywords:

استرپتومایسس , پلی کتایدسنتاز , antiSMASH , تحلیل ژنوم