شناسایی بیوانفورماتیکی سیگنال پپتید موثربرای بیان پری پلاسمیک فاکتور رشد انسانی در E. Coli

هورمون ر شد ان سانی یک پلیپپتید تک زنجیره ای ا ست که در فرآیندهای مختلف بیولوژیکی نقش محوری دارد. اگرچه E. coli یک میزبان ترجیحی برای تولید هورمون رشد انسانی در نظر گرفته می شود، اما مشابه بسیاری از پروتئینهای یوکاریوتی دیگر، بیان زیاد این پروتئین در E.coli منجر به تجمع اجسام نامحلول می شود. بیان تر شحی با ا ستفاده از سیگنال پپتیدها یکی از راه حل های غلبه بر مشکل فوق میباشد. کارایی هر یک از سیگنال پپتیدها در انتقال پریپلاسمایی متفاوت بوده و اغلب برای هر پروتئین اختصاصی میباشد. مطالعه حاضر با هدف استفاده از تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی برای شناسایی یک سیگنال پپتید مناسب برای بیان پریپلاسمایی هورمون رشد انسانی در E. coli انجام شد. توالی اسید آمینه ای ۹۱ سیگنال پپتید پروکاریوتی و یوکاریوتی از پایگاه داده سیگنال پپتید جمع آوری شده و مشخصات و کارایی هر سیگنال در ارتباط با پروتئین هدف توسط سرور SignalP۴.۱ مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. پیش بینی مسیر ترشحی توسط سرور SignalP۵ تعیین شد. خصوصیات فیزیکوشیمیایی، از جمله وزن مولکولی، شاخص بیثباتی، شاخص جاذبه و آلیفاتیک، توسط نرم افزار ProtParam بررسی شد. نتایج مطالعه حاضر نشان داد که از بین تمام سیگنال پپتیدهای مورد مطالعه، پنج سیگنال پپتید ynfB، sfaS، lolA، glnH و malE به ترتیب امتیاز بالایی را برای بیان پری پلاسمیک هورمون رشد در E. coli نشان دادند. در نتیجه، میتوان از تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی برای شناسایی پپتید سیگنال مناسب برای بیان پلاسمایی پروتئینها استفاده کرد. مطالعات آزمایشگاهی بیشتر میتواند دقت نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل in silico را ارزیابی کند.

Keywords:

بیان محلول , هورمون رشد , In silico , اشرشیا کولی