تجزیه بیوانفورماتیکی پروتئین های حاوی دمین ARID-PHD و بررسی بیان ژن آن تحت تنش شوری در گیاه هالوفیت Aeluropus littoralis
Publish place: Journal of Crop Breeding، Vol: 11، Issue: 29
Publish Year: 1397
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 195
This Paper With 10 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
این Paper در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JCB-11-29_014
تاریخ نمایه سازی: 17 مهر 1400
Abstract:
تنش های غیرزیستی از مهمترین عوامل محدودکننده عملکرد گیاهان زراعی محسوب می شوند. تحلیل داده های زیستی به واسطه علم بیوانفورماتیک، نقش مهمی در بررسی ژنها، ارتباطات و نیز پیشگویی کارکرد آنها در پاسخ به تنش های غیرزیستی دارد. پروتئین های دارای دمین ARID-PHD در گیاهان و جانوران شناسایی شده و نقش بسیار مهمی در تنظیم رشد، چرخه سلولی و بیان ژنهای اختصاصی هر بافت دارند. در این تحقیق، توالی مربوط به ناحیه محافظت شده دمین ARID در پایگاه های اطلاعاتی مختلف همچون NCBI در برابر توالی های ثبت شده برای گیاهان مختلف جستجو و در نتیجه آن ۱۰ پروتئین گیاهی حاوی دمین ARID-PHD یافت شد. گیاهان شامل آرابیدوپسیس، آجیلوپس، براکیپودیوم، سویا، برنج وحشی، برنج ژاپونیکا، ارزن دم روباهی، سورگوم، ذرت و آلوروپوس بود. هم ردیف سازی توالی ها، رسم درخت فیلوژنتیکی، بررسی ویژگی های پروتئینی و الگوی بیان نسبی ژن ARID در گیاه شوریزی آلوروپوس انجام گرفت. نتایج نشان داد که علاوه بر شباهت توالی های اسید آمینه، پروتئین ها نیز به دو گروه گیاهان تک لپه و دو لپه تقسیم شدند. بررسی ساختار و ویژگی پروتئین ها بیانگر درجه حفاظت بالای پروتئین در گیاهان مختلف بود. بررسی میزان بیان ژن در گیاه آلوروپوس نشان داد که حداکثر تعداد رونوشت های ژن در اندام هوایی گیاه بوده و این افزایش معنی دار بعد از ۶ ساعت از اعمال تنش شوری در حداکثر مقدار بوده و تا ۲۴ ساعت بعد از تنش نیز کاهش معنی داری نشان نداد که بیانگر نقش احتمالی این پروتئین در تحمل گیاه به تنش می باشد. در بافت ریشه گیاه، میزان بیان ژن نسبت به تیمار شاهد کاهش یافت. به طور کلی، این مطالعه اولین گزارش در مورد بررسی ویژگی توالی پروتئینی و تغییرات بیان ژن ARID در گیاه هالوفیت آلوروپوس در شرایط تنش بوده و می تواند به عنوان گام ابتدایی در استفاده از این خانواده ژنی به منظور اصلاح و دستورزی گیاهان در جهت تحمل به تنش های غیرزیستی به ویژه شوری باشد.
Keywords:
Authors
حمیدرضا قربانی
Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan
حبیب اله سمیع زاده لاهیجی
Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan
قربانعلی نعمت زاده
Genetics and Agricultural Biotechnology Institute of Tabarestan, Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :