سیویلیکا را در شبکه های اجتماعی دنبال نمایید.

Login
PapersConferencesJournals

تجزیه بیوانفورماتیکی پروتئین های حاوی دمین ARID-PHD و بررسی بیان ژن آن تحت تنش شوری در گیاه هالوفیت Aeluropus littoralis

Publish place: Journal of Crop Breeding، Vol: 11، Issue: 29
Publish Year: 1397
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 289

This Paper With 10 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

این Paper در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

Export:

Link to this Paper:
https://civilica.com/doc/1284650

Document National Code:

JR_JCB-11-29_014

Index date: 9 October 2021

تجزیه بیوانفورماتیکی پروتئین های حاوی دمین ARID-PHD و بررسی بیان ژن آن تحت تنش شوری در گیاه هالوفیت Aeluropus littoralis abstract

تنش­ های غیرزیستی از مهم­ترین عوامل محدودکننده عملکرد گیاهان زراعی محسوب می­ شوند. تحلیل داده­ های زیستی به واسطه علم بیوانفورماتیک، نقش مهمی در بررسی ژن­ها، ارتباطات و نیز پیشگویی کارکرد آن­ها در پاسخ به تنش­ های غیرزیستی دارد. پروتئین­ های دارای دمین ARID-PHD در گیاهان و جانوران شناسایی شده و نقش بسیار مهمی در تنظیم رشد، چرخه سلولی و بیان ژن­های اختصاصی هر بافت دارند. در این تحقیق، توالی مربوط به ناحیه محافظت شده دمین ARID در پایگاه ­های اطلاعاتی مختلف همچون NCBI در برابر توالی­ های ثبت شده برای گیاهان مختلف جستجو و در نتیجه آن ۱۰ پروتئین گیاهی حاوی دمین ARID-PHD یافت شد. گیاهان شامل آرابیدوپسیس، آجیلوپس، براکیپودیوم، سویا، برنج وحشی، برنج ژاپونیکا، ارزن دم روباهی، سورگوم، ذرت و آلوروپوس بود. هم ردیف­ سازی توالی­ ها، رسم درخت فیلوژنتیکی، بررسی ویژگی­ های پروتئینی و الگوی بیان نسبی ژن ARID در گیاه شوری­زی آلوروپوس انجام گرفت. نتایج نشان داد که علاوه بر شباهت توالی­ های اسید آمینه، پروتئین­ ها نیز به دو گروه گیاهان تک لپه و دو لپه تقسیم شدند. بررسی ساختار و ویژگی پروتئین­ ها بیانگر درجه حفاظت بالای پروتئین در گیاهان مختلف بود. بررسی میزان بیان ژن در گیاه آلوروپوس نشان داد که حداکثر تعداد رونوشت­ های ژن در اندام هوایی گیاه بوده و این افزایش معنی­ دار  بعد از ۶ ساعت از اعمال تنش شوری در حداکثر مقدار بوده و تا ۲۴ ساعت بعد از تنش نیز کاهش معنی­ داری نشان نداد که بیانگر نقش احتمالی این پروتئین در تحمل گیاه به تنش می­ باشد. در بافت ریشه گیاه، میزان بیان ژن نسبت به تیمار شاهد کاهش یافت. به طور کلی، این مطالعه اولین گزارش در مورد بررسی ویژگی توالی پروتئینی و تغییرات بیان ژن ARID در گیاه هالوفیت آلوروپوس در شرایط تنش بوده و می ­تواند به عنوان گام ابتدایی در استفاده از این خانواده ژنی به منظور اصلاح و دست­ورزی گیاهان در جهت تحمل به تنش­ های غیرزیستی به ویژه شوری باشد.

تجزیه بیوانفورماتیکی پروتئین های حاوی دمین ARID-PHD و بررسی بیان ژن آن تحت تنش شوری در گیاه هالوفیت Aeluropus littoralis Keywords:

تجزیه بیوانفورماتیکی پروتئین های حاوی دمین ARID-PHD و بررسی بیان ژن آن تحت تنش شوری در گیاه هالوفیت Aeluropus littoralis authors

حمیدرضا قربانی

Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan

حبیب اله سمیع زاده لاهیجی

Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan

قربانعلی نعمت زاده

Genetics and Agricultural Biotechnology Institute of Tabarestan, Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
Artimo, P., M. Jonnalagedda, K. Arnold, D. Baratin, G. Csardi, ...
Ding, Z., L. Gillespie and G. Pate. ۲۰۰۳. Human MI-ER۱ ...
Felsenstein, J. ۱۹۸۵. Confidence Limits on Phylogenies: An Approach Using ...
Fleischer, T.C., U,J. Yun and D.E. Ayer. ۲۰۰۳. Identification and ...
Gasteiger, E., C. Hoogland, A. Gattiker and S. Duvaud. ۲۰۰۵. ...
Geourjon, C. and G. Deléage. ۱۹۹۵. SOPMA: significant improvements in ...
Ghasemi Omran, V., A. R. Bagheri, GH. Nematzadeh and A. ...
Gregory, S.L., R.D. Kortschak, B. Kalionis and R. Saint. ۱۹۹۶. ...
Hashemi, S.H., Gh. Nematzadeh, Gh. Ahmadian, A. Yamchi, and M. ...
Herrscher R.F., M.H. Kaplan, D.L. Lelsz, C. Das, R. Scheuermann ...
Kim, S., Z. Zhang, S. Upchurch, N. Isern and Y. ...
Kortschak, R.D., P.W. Tucker and R. Saint. ۲۰۰۰. ARID proteins ...
Liu, K., L. Wang, Y. Xu, N. Chen, Q. Ma, ...
Livak, K.J. and T.D. Schmittgen. ۲۰۰۱. Analysis of relative gene ...
Marchler-Bauer, A., M.K. Derbyshire, N.R. Gonzales, S. Lu, F. Chitsaz, ...
Modarresi, M., G.A. Nematzadeh and M. Zarein. ۲۰۱۳. Glyceraldehyde-۳-phosphate Dehydrogenase ...
Pandey, A., P. Misra, A. Alok, N. Kaur, S. Sharma, ...
Pasini, D., P.A. Cloos, J. Walfridsson, L. Olsson, J.P. Bukowski, ...
Peng, J.C., A. Valouev, T. Swigut, J. Zhang, Y. Zhao, ...
Ramon-Maiques, S., A.J. Kuo, D. Carney, A.G. Matthews, M.A. Oettinger, ...
Riechmann, J.L., J. Heard, G. Martin, L. Reuber, C.Z. Jiang, ...
Roy, A., A. Dutta, D. Roy, G. Paye, R. Ghosh, ...
Saitou, N. and M. Nei. ۱۹۷۸. The neighbor-joining method: A ...
Scharf, K.D., M. Siddique and E. Vierling. ۲۰۰۱. The expanding ...
https://doi.org/۱۰.۱۳۷۹/۱۴۶۶-۱۲۶۸(۲۰۰۱)۰۰۶۲.۰.CO;۲Sharafi, E., A. Dehestani, J. Farmani and A. Pakdin Parizi. ...
Sinha, S., V.K. Raxwal, B. Joshi, A. Jagannath, S. Katiyar-Agarwal, ...
Stros, M., D. Launholt and K.D. Grasser. ۲۰۰۷. The HMG-box: ...
Takahashi, M., M. Kojima, K. Nakajima, R. Suzuki-Migishima and T. ...
Tamura, K., J. Dudley, M. Nei and S. Kumar. ۲۰۰۷. ...
Tavallaie, A. ۲۰۱۶. Review of Data mining in Genetics(Clustering of ...
Thompson, J.D., D.G. Higgins and T.J. Gibson. ۱۹۹۴. CLUSTAL W: ...
Tu, X., J. Wu, Y. Xu and Y. Shi. ۲۰۰۱. ...
Wilsker, D., A. Patsialou, P.B. Dallas and E. Moran. ۲۰۰۲. ...
Wilsker, D., L. Probst, H.M. Wain, L. Maltais, P.W. Tucker ...
Wu, R.C., M. Jiang, A.L. Beaudet and M.Y. Wu. ۲۰۱۳. ...
Xia, C., Y.J. Wang, Y. Liang, Q.K. Niu, X.Y. Tan, ...
Xu, Y. W. Zong, X. Hou, J. Yao, H. Liu, ...
Yamaguchi-Shinozaki, K. and K. Shinozaki. ۲۰۰۶. Cross-talk between abiotic and ...
Yu, C.S., Y.C. Chen, C.H. Lu and J.K. Hwang. ۲۰۰۶. ...
Zhang, H., X. Mao, C. Wang and R. Jing. ۲۰۱۰. ...
Zhang, Y., M. Gao, S.D. Singer, Z. Fei, H. Wang ...
Zheng, B., H. He, Y. Zheng, W. Wu and S. ...
Zhu, H., T. Chen, M. Zhu, Q. Fang, H. Kang, ...
Artimo, P., M. Jonnalagedda, K. Arnold, D. Baratin, G. Csardi, ...
Ding, Z., L. Gillespie and G. Pate. ۲۰۰۳. Human MI-ER۱ ...
Felsenstein, J. ۱۹۸۵. Confidence Limits on Phylogenies: An Approach Using ...
Fleischer, T.C., U,J. Yun and D.E. Ayer. ۲۰۰۳. Identification and ...
Gasteiger, E., C. Hoogland, A. Gattiker and S. Duvaud. ۲۰۰۵. ...
Geourjon, C. and G. Deléage. ۱۹۹۵. SOPMA: significant improvements in ...
Ghasemi Omran, V., A. R. Bagheri, GH. Nematzadeh and A. ...
Gregory, S.L., R.D. Kortschak, B. Kalionis and R. Saint. ۱۹۹۶. ...
Hashemi, S.H., Gh. Nematzadeh, Gh. Ahmadian, A. Yamchi, and M. ...
Herrscher R.F., M.H. Kaplan, D.L. Lelsz, C. Das, R. Scheuermann ...
Kim, S., Z. Zhang, S. Upchurch, N. Isern and Y. ...
Kortschak, R.D., P.W. Tucker and R. Saint. ۲۰۰۰. ARID proteins ...
Liu, K., L. Wang, Y. Xu, N. Chen, Q. Ma, ...
Livak, K.J. and T.D. Schmittgen. ۲۰۰۱. Analysis of relative gene ...
Marchler-Bauer, A., M.K. Derbyshire, N.R. Gonzales, S. Lu, F. Chitsaz, ...
Modarresi, M., G.A. Nematzadeh and M. Zarein. ۲۰۱۳. Glyceraldehyde-۳-phosphate Dehydrogenase ...
Pandey, A., P. Misra, A. Alok, N. Kaur, S. Sharma, ...
Pasini, D., P.A. Cloos, J. Walfridsson, L. Olsson, J.P. Bukowski, ...
Peng, J.C., A. Valouev, T. Swigut, J. Zhang, Y. Zhao, ...
Ramon-Maiques, S., A.J. Kuo, D. Carney, A.G. Matthews, M.A. Oettinger, ...
Riechmann, J.L., J. Heard, G. Martin, L. Reuber, C.Z. Jiang, ...
Roy, A., A. Dutta, D. Roy, G. Paye, R. Ghosh, ...
Saitou, N. and M. Nei. ۱۹۷۸. The neighbor-joining method: A ...
Scharf, K.D., M. Siddique and E. Vierling. ۲۰۰۱. The expanding ...
https://doi.org/۱۰.۱۳۷۹/۱۴۶۶-۱۲۶۸(۲۰۰۱)۰۰۶۲.۰.CO;۲Sharafi, E., A. Dehestani, J. Farmani and A. Pakdin Parizi. ...
Sinha, S., V.K. Raxwal, B. Joshi, A. Jagannath, S. Katiyar-Agarwal, ...
Stros, M., D. Launholt and K.D. Grasser. ۲۰۰۷. The HMG-box: ...
Takahashi, M., M. Kojima, K. Nakajima, R. Suzuki-Migishima and T. ...
Tamura, K., J. Dudley, M. Nei and S. Kumar. ۲۰۰۷. ...
Tavallaie, A. ۲۰۱۶. Review of Data mining in Genetics(Clustering of ...
Thompson, J.D., D.G. Higgins and T.J. Gibson. ۱۹۹۴. CLUSTAL W: ...
Tu, X., J. Wu, Y. Xu and Y. Shi. ۲۰۰۱. ...
Wilsker, D., A. Patsialou, P.B. Dallas and E. Moran. ۲۰۰۲. ...
Wilsker, D., L. Probst, H.M. Wain, L. Maltais, P.W. Tucker ...
Wu, R.C., M. Jiang, A.L. Beaudet and M.Y. Wu. ۲۰۱۳. ...
Xia, C., Y.J. Wang, Y. Liang, Q.K. Niu, X.Y. Tan, ...
Xu, Y. W. Zong, X. Hou, J. Yao, H. Liu, ...
Yamaguchi-Shinozaki, K. and K. Shinozaki. ۲۰۰۶. Cross-talk between abiotic and ...
Yu, C.S., Y.C. Chen, C.H. Lu and J.K. Hwang. ۲۰۰۶. ...
Zhang, H., X. Mao, C. Wang and R. Jing. ۲۰۱۰. ...
Zhang, Y., M. Gao, S.D. Singer, Z. Fei, H. Wang ...
Zheng, B., H. He, Y. Zheng, W. Wu and S. ...
Zhu, H., T. Chen, M. Zhu, Q. Fang, H. Kang, ...
نمایش کامل مراجع