شناسایی گونه های انتروکوکسی با پتانسیل پروبیوتیکی جدا شده از پنیر سنتی شهرستان کلیبر با استفاده از توالی یابی و برش آنزیمی ژن 16SrDNA

سویه های انتروکوکسیایی از منابع لبنی به طور وسیعی بوسیله کیتهای بیوشیمیایی مطالعه نشده اند، بنابراین ممکن است با این روشها بدرستی شناسایی نشوند. در این مطالعه یک روش مبتنی برPCR توسعه دادیم که با هدف قرار دادن ژن 16srDNA اجازه شناسایی انتروکوکسی را در سطح جنس و گونه میدهد.یک جفت آغازگر بر اساس منطقه حفاظت شده توالیهای ژن 16srNDA انتروکوکسی ها طراحی شد. با استفاده از PCR ژنهای 16srDNA شش سویه انتروکوکسی مختلف جدا شده از پنیر سنتی کلیبر به طور انتخابی از DNA ژنومی تکثیر شدند. محصولات PCR بر روی ژل آگارز 1/5 درصد آنالیز و جهت انجام توالی یابی و هضم آنزیمی، با اندونوکلئازهای محدودگر Taql و Mspl خالص شدند.آغازگرهای طراحی شده ژن 16srDNA 16 را در همه سویه ها با موفقیت تکثیر دادند. محصولات PCR به اندازه تفریبی 1500 جفت نوکلئوتید حاصل شدند. نتایج توالی یابی(ناقص) نشان داد که یکی از ایزوله ها بوسیله مطالعات فنوتیپی به اشتباه به عنوان انتروکوکسی فکالیس شناسایی شده است، از طرفی تفکیک این ایزوله بین انتروکوکسی فیشیوم و انتروکوکسی دورانس بوسیله توالی یابی میسر نشد. زمانی که قطعات تکثیر یافته بوسیله آنزیمهای Taql و Mspl برش داده شدند، سه الگوی برشی برای 6 سویه انتروکوکسی بدست آمد. همچنین ایزوله به اشتباه شناسایی شده به عنوان انتروکوکسی دورانس شناسایی گردید. در مورد بقیه ایزوله ها نتایج حاصل از سه روش فنوتیپی، توالی یابی و برش قطعات 16srDNA با هم موافق بودند.برش آنزیمی 16srDNA برای تفکیک گونه های نزدیک به هم در مواردی که توالی یابی ژن 16srDNA به صورت ناقص انجام می گیرد، روشی کارآ می باشد.