بررسی بیوانفورماتیکی الگوی بیان ژن S-like RNase درگندم آلوده به بیماری های قارچی

آنزیم های S-like RNase گروهی از خانواده ریبونوکلئازهای گیاهی می باشند که باند فسفو دی استر را در RNA برش میدهند. آنزیم های S-like RNase در همه اندام های گیاهی و تحت تحریکات محیطی بیان می شوند و مشخص شده است که دارای 5 ناحیه فوق العاده محافظت شده ای به نام C1-C5 می باشند. دو ناحیه C2 و C3 دارای 2 تا 3 مکان هیستیدین فعال هستند که برای فعالیت کاتالیکی این آنزیم ها لازم است. با بررسی داده های ریزآرایه (microarray) که یکی از روش های استاندارد برای مطالعه بیان ژن در مقیاس وسیع می باشد، مشخص شده است که ژن های S-like RNase در برابر تنش های زیستی و غیر زیستی افزایش و یا نیز کاهش بیان دارند. در این تحقیق به منظور بررسی و مشخص کردن میزان بروز و تأثیر ژن S-like RNase در مقاومت گندم نان نسبت به بیماری های مختلف، دو کتابخانه مختلف از داده های میکرواری با ایزولاین های مقاوم و حساس گندم از سایت NCBI با GEO accession: GSE43706، GSE31753 گرفته و بررسی شد . داده های حاصل با استفاده از نرم افزار Expression consol نرمال سازی شدند و سپس با استفاده از نرم افزار Flexarray و ززم ن t-test با p- value کوچکتر از 0.05، 0 و بیان ژن نسبت به تیمار کنترل بررسی شد و نمودار الگوی بیانی ژن S-like RNase رسم شد .

Keywords:

S-like RNase , ریزآرایه , گندم , Fusarium graminearum , Puccinia striiformis