آنالیز بیوانفورماتیکی خانواده ژنی wrky در گندم
Publish place: 4th Iranian Conference on Bioinformatics
Publish Year: 1391
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: Persian
View: 1,134
نسخه کامل این Paper ارائه نشده است و در دسترس نمی باشد
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
این Paper در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
IBIS04_146
تاریخ نمایه سازی: 14 شهریور 1393
Abstract:
تنش های زیستی و غیرزیستی از مهمترین عوامل محدودکننده عملکرد گیاهان زراعی می باشند. خانواده ی ژنیWRKY رمزکننده گروه بزرگی از عواملرونویسی هستند که در تنظیم ژنهای پاسخ دهنده به تنش های زیستی و غیر زیستی دخیل هستند. بنابراین شناسایی و مطالعهی این خانوادهی ژنی بهمنظور دستورزی و تنظیم بیان آنها راهکار ارزنده ای برای تحمل گیاهان به تنش ها خواهد بود. برای شناسایی اعضای این خانواده در گندم، جستجویچندگانه در پایگاه های اطلاعاتی مرتبط و tblastn بر اساس توالی های حفظ شده ی این خانواده در برنج در داده های HTGS ،EST ،nr انجام شد. توال یهایی مثل EST و cDNA (فاقد پروتئین) توسط نرم افزارهایDNAstar و NCBI ORF finder ترجمه شدند. توالی ها توسط نرم افزارMEGA4 همردیف شدند و درخت فیلوژنتیکی بر مبنای Boot strap neighbor-joining رسم شد. نمای گرافیکی و شباهت زیر گروه ها با نرم افزارBio Edit مشخص شد. در این بررسی 59 عضو از این خانواده در گندم یافت شد. 67 عضو پیدا شده ساختار حفظ شده خانوادهWRKY را به طور کامل داشتن د (توالیهای پروتئینی ناقص عمدتاً از ترجمه ی ESTها یا mRNA های ناقص به دست آمده بودند) که شامل 61 عضو از گروهI ، 83 عضو از گروهII و 22 عضو از گروه III بودند. نواحی حفاظت شده ی هر گروه در گندم مشخص شد .بر اساس روابط فیلوژنتیکی در گروه II به ترتیب6، 31، 11، 6 و 2 عضو درزیر گروه های IId ،IIc ،IIb ،IIa و IIe قرار گرفتند. زیر گروه های IIIa و IIIb در گروه III نیز به ترتیب دارای 01 و 21 عضو بودند.
Keywords:
Authors
غفار حضری
بخش بیوانفورماتیک پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران
زهرا سادات شبر
بخش بیوانفورماتیک پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران
امیرمحمد ناجی
دانشکده کشاورزی دانشگاه شاهد
رضا فتوت
دانشکده کشاورزی دانشگاه زنجان