شناسایی باکتری عامل لکه زاویه ای توسکای ییلاقی از طریق توالی یابی ژن dnaK

یکی از گونه های مهم در تولید چوب گونه توسکای ییلاقی ( Alnus subcordata ) است. این گونه با داشتن قدرت تثبیت کنندگی ازت خاک و همچنین جنگل کاری برای احیای مناطق مخروبه جنگل های شمال کشور بسیار مناسب است. کی بیماری لکه برگی ناشی از گونه ای زانتوموناس در توسکا ییلاقی ( Alnus subcordata subsp. Subcordata )در جنگل های استان مازندران گزارش شده است ( 16th .1383 .Rahimian et al Iran. Plant Protec. Cong ). در این بررسی به منظور توصیف تکمیلی در جهت تعیین موقعیت تاکسونومیکی باکتری زانتوموناس عامل لکه زاویه ای توسکا از تعدادی ایزوله باکتری که قبلا با استفاده از آزمون های بیماری زایی، بیوشیمیایی و الگوی نقوش پروت یینی مورد ارزیابی قرار گرفته بودند استفاده شد.ایزوله با استفاده از پرایمر dnaK مورد مطالعه قرار گرفتند. DNA ژنومی جدایه ها به روش لیز قلیایی استخراج، PCR در شرایط توصیه شده انجام شد. محصول PCR در ژل آگارز 2 درصد الکتروفورز و با ژل رد رنگ آمیزی شد. پس از تکثیر و خالص سازی ،محصولات PCR جهت توالی یابی به شرکت BIONEER کره جنوبی فرستاده شدند. سپس با استفاده از اطلاعات موجود درNCBI و به کمک Blast مقایسه توالی ها صورت پذیرفت.توالی های بدست آمده با کمک برنامه ClustalW صف بندی و سپس در برنامه BioEdit تنظیم شدند. روابط فیلوژنتیک با استفاده از الگوریتم نزدیکترین همسایه و با کمک MEGA4 ترسیم و تفسیر گردید. ضریب اطمینان درخت ترسیم شده با محاسبه نمونه برداری مجدد بوت استراپ ارزیابی گردید.نتایج بدست آمده نشان داد که گونه مورد نظر xanthomonas arboricola می باشد.

Keywords:

توالی یابی , باکتری زانتوموناس , تاکسونومی