بررسی ساختارهای جوامع و خرده جوامع به روش خوشه بندی شبکه ای بدون نظارت با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی متراکم

رشد روزافزون اطلاعات حاصل از تعیین ژنوتیپ نمونه ها به ویژه با استفاده از توالی یابی چندشکلی های تک نوکلیوتیدی ) SNP ( سبب تحول در تجزیه وتحلیل دقیق ساختار جوامع درگونه های مختلف شده است. تاکنون از روش های مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفادهاز نشانگرهای موجود در کل ژنوم استفاده شده است که هرکدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در بررسی حاضر از خوشه بندی شبکه ای بدون نظارت یا SPC که روشی مبتنی بر داده کاوی است،برای بررسی ساختار جوامع شبیه سازی شده و کشف خرده جوامع موجود استفاده شد. هدف ازبه کاربردن این روش، دستیابی به ساختار جمعیتی بدون هیچ گونه آگاهی از اطلاعات شجره ایافراد بود. در شبیه سازی انجام گرفته بدین منظور پس از ویرایش داده ها، 29299 نشانگر اتوزومیاز 159 دام، تجزیه وتحلیل شدند. نتایج نشان داد که حیوانات براساس شباهت ها و تفاوت هابه خوبی در جوامع مربوطه قرارگرفتند و خرده جوامع موجود نیز درون هر جمعیت نمایان شدند.مزیت اصلی این روش، کارایی محاسباتی بالا و نیازنبودن به فرض های پیشین در آن است؛بنابراین به محقق این امکان را می دهد که ساختار جوامع متشکل از هزاران حیوان را بدون داشتن هرگونه اطلاعاتی از شجره و نژاد، تجزیه وتحلیل کند.

Keywords:

چندشکلی های تک نوکلیوتیدی , خوشه بندی شبکه ای بدون نظارت , داده کاوی , ساختار جمعیتی