مقایسه فیلوژنتیکی جدایه ایرانی ویروس خراشک حلقوی میخک با جدایه های دنیا بر اساس ترادف ژن پروتیین پوششی و ژن پروتیین حرکتی

ویروس خراشک حلقوی میخک (Carnation etched ring virus, CERV)، عضو جنس Caulimovirus و خانواده Caulimoviridae است. این ویروس به عنوان دومین ویروس میخک از نظر پراکنش در دنیا و تنها ویروس DNA دار گزارش شده از آن می باشد. بوته های آلوده به این ویروس از گلخانه چناران جمع آوری و با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی طراحی شده برای نواحی حفاظت شده از ژن پروتیین پوششی و ژن پروتیین حرکتی ویروس، به ترتیب قطعاتی در اندازه تقریبی1500 و 1000جفت باز تکثیر گردید. این جدایه به همراه دو جدایه موجود از این ویروس (هند و هلند) و نیز تعدادی از دیگر ترادف های کایولیموویروس ها در بانک ژن مقایسه و پس از همردیف سازی چند گانه درخت فیلوژنتیکی آن ها برای ژن پروتیین پوششی و ژن پروتیین حرکتی CERV با روش Neighbor joining و با استفاده از نرم افزار DNAMAN و MEGA5 ترسیم گردید. این آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد که در مورد ژن پروتیین پوششی شباهت جدایه ایرانی در سطح نوکلیوتیدی و آمینواسیدی به ترتیب با جدایه هلند 98/9 و 99/3 درصد و با جدایه هند به ترتیب 98/3 و 98/6 درصد می باشد. هم چنین در مورد ژن پروتیین حرکتی شباهت جدایه ایرانی در سطح نوکلیوتیدی و آمینواسیدی با جدایه هلند به ترتیب 97/7 و 99/6 درصد و با جدایه هند به ترتیب 96/1 و 98/9 درصد نشان داده شد. این اولین گزارش از مطالعات مولکولی درباره ویروس خراشک حلقوی میخک در ایران است.

Keywords:

ویروس خراشک حلقوی میخک , آنالیز فیلوژنتیکی , Dianthus caryophyllus