مقایسه سه سایت آنلاین HSF،ASSP و BDGP در شناسایی نواحی Splice site با استفاده از رسم درخت فیلوژنی

دریوکاریوت ها RNA حاصل از فعالیت RAN پلیمراز mRNA اولیه نامیده می شود. این RNA پس از تغییراتی که پیرایش نامیده می شود به mRNA بالغ تبدیل شده و برای ترجمه به سیتوپلاسم فرستاده می شود. در mRNA اولیه، مناطقی وجود دارند که در mRNA بالغ وجود ندارد که به آن رونوشت اینترون گویند. در این مقاله، سعی شده است تا با استفاده از رسم درخت فیلوژنی، سایتی مناسب برای شناسایی نواحی اینترونی انتخاب شود. در ابتدا، با استفاده از سه سایت آنلاین BDGP و HSF،ASSP نواحی اسپلایس سایت ژن مذکور شناسایی و اینترونها حذف شدند. در ادامه، رونوشت های باقی مانده بهم متصل و با استفاده از نرم افزار SIX-FRAME مورد ترجمه قرار گرفتند سپس برای بررسی میزان کارایی، توالی پروتیینی بدست آمده از سه نرمافزار با توالی پروتیینی ژن مذکور در NCBI مورد مقایسه قرار گرفتند. برای این منظور، چهار توالی بدست آمده توسط نرم افزار ClustalW هم ردیف شدند و نتیجه هم ردیفی با استفاده از نرم افزار MEGA6 روش Neighbor-joining و با Bootstrap 100 مورد آنالیز قرار گرفته و درخت فیلوژنی با مقیاس 0/2 رسم گردید. نتایج نرم افزارهای MEGA و 6 ClustalW نشان دادند که توالی پروتیینی حاصل از نرم افزار BDGP بیشترین شباهت را با پروتیین کنترلی ما که توالی آن بطور مستقیم از پایگاه NCBI استخراج شده بود دارد. همچنین، پروتیینی که توالی آن توسط نرم افزار ASSP شناسایی گردیده بود شباهت بیشتری به پروتیین کنترلی داشت.

Keywords:

اسپلایسسایت , درخت فیلوژنی , سایت ASSP , سایت HSF , سایت BDGP