شبیه سازی ساختار ایمونوتوکسین نوترکیب DT-GCSF اولیه و جهش یافته به منظور اصلاح شرایط بازتاخوردگی

ایمونوتوکسین ها بعنوان نسل جدیدی از درمان هدفمند سلول های سرطانی هستند که در گروه پروتیین های نوترکیب هیبریدی قرار می گیرند و از دو بخش اتصالی و سیتوتوکسیک تشکیل می شوند. ایمونوتوکسین DT-GCSF در واقع همان توکسین دیفتری DT است که بخش اتصالی آن با فاکتور محرک کلنی گرانولوسیت GCSF جایگزین شده است. با توجه به ساختار هیبریدی پروتیین DT-GCSF و به منظور شبیه سازی ساختاری آن در فرم طبیعی و پس از بازتاخوردگی، در این تحقیق با استفاده از نرم افزار Modeller ساختار پروتیین هیبریدی نوترکیب در دو حالت اولیه و جهش یافته ابتدا مدلسازی شد. سپس ساختار دمین خارج سلولی گیرنده GCSF از بانک اطلاعات پروتیین استخراج شد و با استفاده از نرم افزار Hex نسخه 8 عملیات docking هم بین پروتیین اولیه با گیرنده و هم بین پروتیین جهش یافته با گیرنده، انجام شد. نتایج نشان داد که پروتیین اولیه و جهش یافته تفاوت ساختاری ناچیزی با یکدیگر دارند و نتایج docking نیز نشان داد که تفاوتی در اتصال بین پروتیین هیبریدی اولیه و جهش یافته با گیرنده وجود ندارد. با استفاده از نرم افزار SPDB viewer میزان انرژی هر دو پروتیین محاسبه شد که برای فرم اولیه و جهش یافته به ترتیب 14307/284 - و 14575/465- کیلوژول بر مول به دست آمد که نشان می دهد، پروتیین جهش یافته پایدارتر می باشد.

Keywords:

ایمونوتوکسین , شبیه سازی , توکسین دیفتری , فاکتور محرک کلنی گرانولوسیتی