شناسایی محاسباتی مهارکنندهای آروماتیکی جدید برای درمان بیماری آلزایمر

تجمع آمیلوئیدی پپتیدها و پروتئینهای غلط تاخورده یک مرحله کلیدی در بیماری زایی بیماریهای تحلیل برنده سیستم عصبی است. استفاده از مولکولهای کوچک آروماتیکی چه طبیعی و یا مصنوعی برای مهار پروسه تجمع و جلوگیری از سمیت سلولی آنها در مراحل اولیه مسیر تجمع یکی از استرتژی های درمانی امیدوار کننده برای درمان این بیماری ها می باشد. مطالعه حاضر با هدف پیشگویی داروهای احتمالی علیه تشکیل تجمع آمیلوئیدی لیزوزیم به عنوان یک پروتئین مدل انجام گرفته است. نرم افزار اتو داک وینا برای انجام آزمایش داکینگ استفاده شده است. فایل VB1.pdb2 به عنوان پروتئین هدف در نظر گرفته شد. تعداد 4 لیگاند از گروه کرومنها ( chromen ) با استفاده از نرم افزار Gussian09 آماده سازی شدند. از گرید باکس ( grid box ) نقاط 56 ×40×40 با یک فاصله 1 آنگستروم استفاده شد. با استفاده از Gasteiger بارهای روی پروتئین و مولکولهای لیگاند اعمال شد. از یک کامپیوتر چهار هسته ای به این منظور استفاده و برای هر لیگاند حدود 100 pos انجام گردید. نتایج نشان داد همه ترکیبات کنفورماسیون باز شده داشته و روی جایگاه فعال آنزیم قرار می گرفتند. ترکیب شماره یک به دلیل انعطاف پذیری بیشتر بابقیه ترکیبات متفاوت بود. بهترین posها براساس انرژی برای ترکیبات 3،2،1و4 به ترتیب 9/6 -، - 9/4 ،– 9/5 و – 9/4 بود و نشان می داد که اتصال ترکیب شماره 1 قدری بهتر نسبت به بقیه بود. مطالعات ما در مجموع نشان داد که همه ترکیبات مطالعه شده در اینجا بر اساس تمایل پیوندشان به پروتئین و ایجاد پیوند هیدروژنی قابلیت مهار تجمع آمیلوئیدی لیزوزیم را دارند.

Keywords:

لیزوزیم , کرومن , تجمع آمیلوئیدی , Ducking