بررسی پایداری بیان برخی ژن های مرجع به روش Real-Time PCR تحت تنش زیستی در گیاه برنج

حمیدرضا قربانی; سید حمیدرضا هاشمی پطرودی; مهدی رستمی

بررسی پایداری بیان برخی ژن های مرجع به روش Real-Time PCR تحت تنش زیستی در گیاه برنج

Publish place: Journal of agricultural biotechnology، Vol: 11، Issue: 3

Publish Year: 1398

Type: Journal paper

Language: Persian

This Paper With 18 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Certificate
I'm the author of the paper

این Paper در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

کشاورزی > برنج

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/970874

Document National Code:

JR_JOAGK-11-3_002

Index date: 24 December 2019

بررسی پایداری بیان برخی ژن های مرجع به روش Real-Time PCR تحت تنش زیستی در گیاه برنج abstract

هدف: در پژوهشهای بیان ژن با استفاده از Real-time PCR که ابزار قدرتمندی برای تجزیه و تحلیل سازوکارهای مقاومت به تنشهای زیستی در گیاهان است، انتخاب و اعتبارسنجی ژنهای مرجع بهمنظور بهینه کردن بیان ژنها بسیار مهم میباشد. این تحقیق با هدف بررسی کارایی و انتخاب ژنهای مرجع مناسب برای بهینهسازی اطلاعات حاصل از PCR زمان واقعی در گیاه برنج تحت تنش زیستی انجام شد. مواد و روشها: بدین منظور، هشت ژن کنترل داخلی شاملUBQ5 ،eIF4A ، Actin11، Actin1، UBC، Cylophilin، 18SrRNA و GAPDH بررسی شد. تنش زیستی در بافت برگی گیاهچههای 28 روزه رقم فجر و در حضور عامل بیماری قارچی Rhizoctonia solani RBL1، سیلیکات پتاسیم بهعنوان القاءکننده مقاومت، جدایههایPseudomonas با خاصیت آنتاگونیستی و القاءکنندگی و در سه دوره زمانی (6، 24 و 72 ساعت) اعمال شد. نتایج: بررسی پایداری بیان ژنهای مرجع با استفاده از نرمافزار BestKeeper نشان داد؛ که ژن UBC از پایداری بیان بیشتری نسبت به سایر ژنهای مورد بررسی در شرایط تنش زیستی در نمونه بافت برگی گیاه برنج برخوردار بوده و بر اساس آماره توصیفی ژنهای UBC و Actin11 دارای بیشترین همبستگی (97/0) با شاخص BestKeeper بودند. همچنین، ژنهای UBC و Actin11 دارای بیشترین پایداری (کمترین ضریب تغییرات) بودند. بر اساس تجزیه و تحلیل دادهها با استفاده از نرمافزار NormFinder نیز ژنهای Actin11 و eIF4a (بهترتیب 356/0 و 567/0) بیشترین میزان پایداری را نشان دادند. نتیجهگیری کلی: بررسی بیان ژن های مرجع با استفاده از میانگین هندسی ژنهای UBC و Actin11 در مقایسه با ژن Actin1 نشاندهنده ضرورت انتخاب مناسب ژن مرجع میباشد. نتایج این تحقیق نشان میدهد که ژنهای UBC و Actin11 ژنهای مرجع مناسبی برای بهینهسازی دادههای بیان ژن بهوسیله تجزیه و تحلیل Real-Time PCR در گیاه برنج میباشند.

بررسی پایداری بیان برخی ژن های مرجع به روش Real-Time PCR تحت تنش زیستی در گیاه برنج Keywords:

القاء کننده , برنج , بیان ژن , ژن مرجع , R. solani

بررسی پایداری بیان برخی ژن های مرجع به روش Real-Time PCR تحت تنش زیستی در گیاه برنج authors

حمیدرضا قربانی

بخش تحقیقات علوم زراعی و باغی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان مازندران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی،

سید حمیدرضا هاشمی پطرودی

استادیار گروه مهندسی ژنتیک و بیولوژی، پژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

مهدی رستمی

مربی پژوهش معاونت مازندران، موسسه تحقیقات برنج کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، آمل، ایران

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

Andersen CL, Jensen JL, Ørntoft TF (2004) Normalization of real-time ...

Burton RA, Shirley NJ, King BJ et al. (2004) The ...

Bustin SA (2000). Absolute quantification of mRNA using real-time reverse ...

Caldana C, Scheible W, Mueller-Roeber B, Ruzicic S (2007) A ...

Cao J, Wang L, Lan H (2016) Validation of reference ...

Chang EM, Shi SQ, Liu JF et al. (2012) Selection ...

Chomczynski P, Sacchi N (1987) Signal-Step method of RNA isolation ...

Dheda K, Huggett JF, Bustin SA et al. (2004) Validation ...

Fedoroff NV, Battisti DS, Beachy RN et al. (2010) Radically ...

Gutierrez L, Mauriat M, Pelloux J et al. (2008) Towards ...

Hashemi SHR, Nematzadeh GA, Ahmadian GR et al. (2016) Identification ...

Jain M, Nijhawan A, Tyagi AK, Khurana JP (2006) Validation ...

Kim BR, Nam HY, Kim SU et al. (2003) Normalization ...

Kozera B, Rapacz M (2013) Reference genes in real-time PCR. ...

Li Y, Chen W, Wang Q et al. (2014) Assessment ...

Livak KJ, Schmittgen TD (2001) Analysis of relative gene expression ...

Ma QP, Hao S, Chen X, Li XH (2016) Validation ...

Mallona I, Lischewski S, Weiss J et al. (2010) Validation ...

Martin KJ, Rygiewicz PT (2005) Fungal-specific PCR primers developed for ...

McCartney HA, Foster SJ, Fraaije BA, Ward E (2003) Molecular ...

Naeimi Sh, Okhovvat SM, Javan-nikkhah M, Vagvolgyi C, Khosravi V, ...

Nicot N, Hausman JF, Hoffmann L, Evers D (2005) Housekeeping ...

Paolacci AR, Tanzarella OA, Porceddu E, Ciaffi M (2009) Identification ...

Pfaffl MW, Tichopad A, Prgomet C, Neuvians TP (2004) Determination ...

Qi J, Yu S, Zhang F et al. (2010) Reference ...

Reddy DS, Bhatnagar-Mathur P, Reddy PS et al. (2016) Identification ...

Scholtz JJ, Visser B (2013) Reference gene selection for qPCR ...

Sinha P, Saxena RK, Singh VK et al. (2015) Selection ...

Thellin O, Zorzi W, Lakaye B et al. (1999) Housekeeping ...

Tian C, Jiang Q, Wang F et al. (2015) Selection ...

Vandesompele J, De Preter K, Pattyn F et al. (2002) ...

Vashisth T, Johnson LK, Malladi A (2011) An efficient RNA ...

Wu D, Dong J, Yao YJ et al. (2015) Identification ...

Xu H, Bao JD, Dai JS et al. (2015) Genome-wide ...

نمایش کامل مراجع