تجزیه تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت ژنوتیپ های گندم دوروم(Triticum turgidum L.) با استفاده از نشانگرهای SilicoDArT تولید شده از DArTseq در سطح کل ژنوم

پیمان ابراهیمی; عزت کرمی; علیرضا اطمینان; رضا طالبی; رضا محمدی

تجزیه تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت ژنوتیپ های گندم دوروم(Triticum turgidum L.) با استفاده از نشانگرهای SilicoDArT تولید شده از DArTseq در سطح کل ژنوم

Publish place: Journal of agricultural biotechnology، Vol: 13، Issue: 3

Publish Year: 1400

Type: Journal paper

Language: Persian

This Paper With 26 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Certificate
I'm the author of the paper

این Paper در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

کشاورزی > گندم

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/1278610

Document National Code:

JR_JOAGK-13-3_003

Index date: 29 September 2021

تجزیه تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت ژنوتیپ های گندم دوروم(Triticum turgidum L.) با استفاده از نشانگرهای SilicoDArT تولید شده از DArTseq در سطح کل ژنوم abstract

هدف: گندم دوروم (Triticum turgidum L.) با متوسط تولید سالانه ۴۰ میلیون تن، دهمین غله ی بسیار مهم و متداولی است که در سراسر جهان کشت می گردد. لذا هدف از این مطالعه تجزیه تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت ژنوتیپ های گندم دوروم برای آگاهی و استفاده از آن در مطالعات ژنومیک آینده با استفاده از نشانگرهای SilicoDArT تولید شده از DarTseq بود. مواد و روش ها: DNA مربوط به ۹۴ ژنوتیپ گندم دوروم به روش CTAB از برگ های تازه استخراج شد. کیفیت و کمیت DNA استخراج شده با استفاده از دستگاه اسپکتروفتومتر اندازه گیری و غلظت DNA نمونه ها به میزان ۵۰ نانوگرم در میکرولیتر تصحیح گردید. نمونه های DNA درDiversity Array Technology Pty, Ltd, Australia (https://www.diversityarrays.com) برای تجزیه ژنوتیپی DArTseq با استفاده از پلاتفرم تجزیه ژنوتیپی بوسیله تعیین توالی (GBS) پردازش شدند. تجزیه تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت بر روی ۷۸۸۲ نشانگر باقیمانده با استفاده از نرم افزارهایPower Markerv.۳.۲۵ ، DARwinver۵.۰، STRUCTURE ۲.۱.، GenAlex v. ۶.۴۱و Rv۳.۲.۳ انجام گرفت. نتایج: مقدار محتوی اطلاعات چندشکلی (PIC) نشانگرهای SilicoDArT از ۰۲۳/۰ تا ۴۹۹/۰ با میانگین ۳۸/۰ متغیر بود. متوسط تکرارپذیری و میزان قرائت توالی ها در تمام گروه های لینکاژی به ترتیب بالای ۹۸/۰ و ۹۲/۰ بود. تعداد نشانگرهای SilicoDArT نقشه یابی شده از ۳۰۰ نشانگر در گروه لینکاژی (Chr۱A) تا ۸۵۳ نشانگر در گروه لینکاژی (Chr۷B) متفاوت بود. اندازه کروموزوم تحت پوشش نشانگرهایSilicoDArT از kbp۱/۸۲۹۲۰۰ در گروه لینکاژی (Chr۳B) تا kbp ۷۹/۵۸۹۲۹۳ در گروه لینکاژی(Chr۱A) متغیر بود. نتایج تجزیه کلاستر به روش اتصال- همسایگی (NJ)، ساختار جمعیت و تابع تشخیص مولفه های اصلی همخوانی بالایی با هم داشتند و بطور واضح ژنوتیپ های مورد بررسی را در چهار گروه مجزا قرار دادند. بیشترین میزان تنوع ژنتیکی مربوط به تنوع درون جمعیتی بود. نتیجه گیری: تعداد نسبتا بالای زیرجمعیت ها و وجود تنوع ژنتیکی بالا در میان و درون جمعیت ها از ویژگی های مجموعه ژنوتیپ های گندم دوروم مورد مطالعه در این تحقیق بود. لذا با توجه به اتلاف ۸۴% تنوع ژنتیکی گندم دوروم طی فرآیندهای اولیه اهلی سازی، این جمعیت ها می توانند به عنوان یک منبع ارزشمند در تحقیقات بنیادی و کاربردی در پروژه های به نژادی مورد استفاده قرار گیرد.

تجزیه تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت ژنوتیپ های گندم دوروم(Triticum turgidum L.) با استفاده از نشانگرهای SilicoDArT تولید شده از DArTseq در سطح کل ژنوم Keywords:

چند شکلی , گروه لینکاژی , جمعیت , نشانگر , گندم دوروم

تجزیه تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت ژنوتیپ های گندم دوروم(Triticum turgidum L.) با استفاده از نشانگرهای SilicoDArT تولید شده از DArTseq در سطح کل ژنوم authors

پیمان ابراهیمی

دانشجوی دکتری ژنتیک و به نژادی گیاهی، گروه زراعت و اصلاح نباتات، واحد سنندج، دانشگاه آزاد اسلامی، سنندج، ایران

عزت کرمی

گروه زراعت، اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، واحد سنندج، دانشگاه آزاد اسلامی، سنندج، ایران.

علیرضا اطمینان

گروه بیوتکنولوژی و به نژادی گیاهی، واحد کرمانشاه، دانشگاه آزاد اسلامی، کرمانشاه، ایران

رضا طالبی

گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشگاه آزاد اسلامی واحد سنندج، سنندج، ایران

رضا محمدی

عضو هیات علمی مرکز تحقیقات کشاورزی دیم سرارود کرمانشاه

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

Agrama H A, WenGui Y, Lee F, et al. (۲۰۰۹) ...

Akbari M, Wenzl P, Caig V, et al. (۲۰۰۶) Diversity ...

Alam M, Neal J, O’Connor K, et al. (۲۰۱۸) Ultra-high- ...

Alsaleh A, Baloch FS, Derya M, et al. (۲۰۱۵) Genetic ...

Altıntaş S, Toklu F, Kafkas S, et al. (۲۰۰۸) Estimating ...

Balfourier F, Bouchet S, Robert S, et al. (۲۰۱۹) Worldwide ...

Baloch FS, Alsaleh A, Shahid MQ, et al. (۲۰۱۷) A ...

Baloch FS, Andeden EE, Alsaleh A, et al. (۲۰۱۶) High ...

Barrett B A, and Kidwell K K (۱۹۹۸) AFLP-based genetic ...

Beres BL, Rahmani E, Clarke JM, et al. (۲۰۲۰) A ...

Botstein D, White RL, Skolnick M, Davis RW (۱۹۸۰) Construction ...

Brinez B, Blair MW, Kilian A, et al. (۲۰۱۲) A ...

Brown, A H D (۱۹۸۹). Core collections: a practical approach ...

CRP-WHEAT (۲۰۱۶). Wheat Agri-Food Systems Proposal ۲۰۱۷-۲۰۲۲". Research Program on ...

Edwards D, Batley J, Snowdon RJ (۲۰۱۳) Accessing complex crop ...

El Bakkali A, Haouane H, Moukhli A, et al. (۲۰۱۳). ...

Elshire RJ, Glaubitz JC, Sun Q, et al. (۲۰۱۱) A ...

Etminan A, Pour-Aboughadareh A, Mohammadi R, et al. (۲۰۱۸) Applicability ...

Evanno G, Regnaut S, Goudet J (۲۰۰۵) Detecting the number ...

Falconer D S, and MacKay T F C (۱۹۹۶). Introduction ...

Fayaz F, Aghaee M, Talebi R, Azadi A (۲۰۱۹) Genetic ...

Frankham R (۲۰۰۵). Genetics and extinction. Biol Conserv ۱۲۶, ۱۳۱–۱۴۰ ...

Govindaraj M, Vetriventhan M, Srinivasan M (۲۰۱۵) Importance of genetic ...

Grzebelus D, Iorizzo M, Senalik D, et al. (۲۰۱۴) Diversity, ...

Heffner EL, Sorrells ME, Jannink J-L (۲۰۰۹) Genomic selection for ...

Jombart T (۲۰۰۸) Adegenet: A R package for the multivariate ...

Kilian A, Huttner E, Wenzl P, et al. (۲۰۰۳) The ...

Liu K, Muse SV (۲۰۰۵) Power Marker: an integrated analysis ...

Luan S, Chiang TY, and Gong X U N (۲۰۰۶) ...

Luo M-C, Yang Z-L, You F, et al. (۲۰۰۷) The ...

Mahboubi M, Mehrabi R, Naji AM, Talebi R. ۲۰۲۰. Whole‑genome ...

Marzario S, Logozzo G, David JL, et al. (۲۰۱۸) Molecular ...

Masood MS, Javaid A, Rabbani MA, Anwar R (۲۰۰۵) Phenotypic ...

Moragues M, Moralejo M, Sorrells ME, Royo C (۲۰۰۷) Dispersal ...

Morgante M, Salamini F (۲۰۰۳) From plant genomics to breeding ...

Murray M G, & Thompson W F (۱۹۸۰). Rapid isolation ...

Nadeem MA, Habyarimana E, Ciftci V, et al. (۲۰۱۸) Characterization ...

Ndjiondjop M-N, Semagn K, Gouda AC, et al. (۲۰۱۷) Genetic ...

Nielsen NH, Backes G, Stougaard J, et al. (۲۰۱۴) Genetic ...

Novoselovic D, Bentley AR, Šimek R, et al. (۲۰۱۶) Characterizing ...

O¨ zkan H, Brandolini A, Scha¨ fer-Pregl R, Salamini F ...

O’Connor K, Kilian A, Hayes B, et al. (۲۰۱۹) Population ...

Oliveira HR, Campana MG, Jones H, et al. (۲۰۱۲) Tetraploid ...

Ouborg N J, Piquot Y, and Groenendael J M (۱۹۹۹). ...

Pandey MK, Upadhyaya HD, Rathore A, et al. (۲۰۱۴) Genome ...

Perrier X, Flori A, Bonnot F (۲۰۰۳) Data analysis methods. ...

Perrier X, Jacquemoud-Collet JP (۲۰۰۶) DARwin software. https://darwin.cirad.fr/darwin ...

Peterson GW, Dong Y, Horbach C, Fu Y-B (۲۰۱۴) Genotyping-by-sequencing ...

Pritchard JK, Stephens M, Donnelly P (۲۰۰۰) Inference of population ...

R Core Team (۲۰۱۴) R: a language and environment for ...

Reif J C, Zhang P, Dreisigacker S, et al. (۲۰۰۵) ...

Ren J, Sun D, Chen L, et al. (۲۰۱۳) Genetic ...

Rubenstein DK, Heisey P, Shoemaker R, et al. (۲۰۰۵) Crop ...

Sagawa CHD, Cristofani-Yaly M, Novelli VM, et al. (۲۰۱۸) Assessing ...

Seyedimoradi H, Talebi R, Kanouni H, et al. (۲۰۲۰) Genetic ...

Talebi R, Fayyaz F (۲۰۱۲) Quantitative evaluation of genetic diversity ...

Van de Wouw M, van Hintum T, Kik C, et ...

Varshney RK, Pandey MK, Bohra A, et al. (۲۰۱۹) Toward ...

Yan W, Rutger J N, Bryant R J, et al. ...

Zeven AC (۲۰۰۰) Traditional maintenance breeding of landraces: ۱. Data ...

Zhang LY, Liu DC, Guo XL, et al. (۲۰۱۱) Investigation ...

نمایش کامل مراجع