مطالعه ساختار و دینامیک پروتئینها در حضور افزودنیها با استفاده شبیه سازی دینامیک مولکولی

موضوع سرشتگی و واسرشتگی۵ پروتئینها و همچنین فاکتورها و عوامل موثر در آنها یکی از مسئله های مهمی است که از دیرباز تا کنون در علوم پایه وکاربردی پاسخ مشخصی به آن داده نشده است. شبیه سازی دینامیک ملکولی تکنیکی است که با استفاده از آن می توان خودآرایی ماکرومولکول ها، و برهم کنش بین آنها را در سطح میکروسکوپی بررسی کرد. این تکنیک با توجه به مفید وکارآمد بودن در طی دهه های اخیر توجه بسیار زیادی را به خود جلب کرده است. در این مطالعه با استفاده از شبیه سازی دینامیک ملکولی رفتار پروتئینها و پپتیدهای مدل را با جزئیات اتمیو میکروسکوپی و در شرایط محیطی مختلف مورد بررسی قرار دادیم تا بتوانیم قسمتی از سوالات بسیار۵ موجود در زمینه تاخوردن و واسرشته شدن پروتئینها را پاسخ داده و معرفی کنیم. هدف اصلی ما در این تحقیق بررسی رفتارها و پاسخ پروتئینهای و پپتیدهای مدل در شرایط محیطی ایجاد شده توسط ملکولهای خودآرای آب گریز، آب دوست و دوگانه دوست بود. پروتئین مدل انتخابی لیزوزیم و پپتید مدل انتخابی ماگاینین بودند. ملکولهای خودآرای۵ انتخابی شامل SDS، PLGA و کیتوسان بودند. نتایج مربوط به برهمکنش بین لیزوزیم و SDS نشان داد که در دماهای پائین SDS تاثیر چندانی بر روی ساختارهای ثانویه نداشت. به عبارت دیگر، غلظتهای بالای این ملکول قادر بود برای هرکدام از ساختارهای ثانویه ی لیزوزیم نقش حفاظتی بازی کند ولی در دماهای بالا این قدرت را از دست میداد. نتایج همچنین نشان دادند که پلیمرها به خوبی ماگاینین را در بر گرفته و ساختار آن را حفظ کرده بودند. در نهایت اینکه شکل نهایی هر کدام از پلیمرها با همدیگر و حتی در هر غلظت از هر پلیمر نسبت به غلظتهای دیگرش متفاوت بود. . اطلاعات حاصل از این تحقیق به درک نتایج آزمایشگاهی و طراحی سیستمهای دارورسان پلیمری کارامدتر کمک میکند.

Keywords:

ساختار , دینامیک , لیزوزیم , ماگاینین , شبیه سازی دینامیک مولکولی