ارزیابی بیوانفورماتیکی آنزیم لینالول سینتاز گیاه گشنیز در سطوح مختلف ساختارهای پروتئینی

متابولیت ترپنوئیدی لینالول به عنوان مهم ترین جز تشکیل دهنده ی روغن گیاه گشنیز شناخته می شود. آنزیم لینالول سینتاز مهم ترین آنزیم مسیر بیوسنتز این ترکیب می باشد. در پژوهش حاضر توالی آمینواسیدی آنزیم لینالول سینتاز در سطوح مختلف ساختاری موردارزیابی قرار گرفت. به طوری که ترکیب آمینواسیدی پروتئین مورد نظر همراه برخی از ویژگی های فیزیکوشیمیایی شامل وزن مولکولی، فرمول شیمیایی، pH ایزوالکتریک PI ، شاخص پایداری، شاخص الیفاتیک مقدار GRAVY با استفاده از ابزار ProtParam محاسبه شد، در ادامه جهت پیش بینی ساختار دوم پروتئین از دو وب سرور SOPMA و PSIpred و جهت پیش بینی و ارزیابی ساختار سه بعدی پروتئین از دو وب سرور SWISS-MODEL و PROCHECK استفاده شد. نتایج این پژوهش نشان داد که پروتئین لینالول سینتاز دارای وزن مولکولی ۶۸۷۸۳.۵۸ دالتون و فرمول شیمیایی C۳۱۰۶H۴۷۸۷N۸۱۳O۹۰۴S۲۵ می باشد PI و شاخص پایداری این پروتئین به ترتیب ۵/۲۹ و ۴۳.۱۱ پیش بینی شد. شاخص آلیفاتیک و GRAVY به ترتیب ۸۹/۳۶ و -۰/۳۳۱ تخمین زده شد. برآورد ترکیب آمینواسیدها نشان داد که بیشترین و کمترین تعداد آمینواسید حاضر در ساختار آن به ترتیب مربوط به آمینواسیدهای لوین ۱۰/۷ درصد و سیستین ۱/۵ درصد است. ارزیابی ساختار دوم نشان داد که مارپیچ آلفا، ساختار ثانویه ی غالب ۶۳/۲۲ درصد در این پروتئین است. برنامه SWISS–model ساختارکریستال با رزولوشن ۲/۳ انگسترم و = PDB id ۵uv۰.۱.A با ۵۱/۱۱ درصد یکسانی با توالی هدف را به عنوان ساختار منتخب معرفی کرد. دسترس بودن اطلاعات بیوانفورماتیکی در مورد پروتئین ها می تواند بستری روشن تری برای طراحی برنامه های مهندسی پروتئین در آینده فراهم کند

Keywords:

و Ph , ایزوالکتریک , شاخص آلیفاتیک , GRAVY , مارپیچ آلفا.