بررسی بیوانفورماتیکی ساختار آنزیم تاکسادین سینتاز

تاکسول دارویی با منشاء طبیعی است که بطور گسترده برای درمان سرطان هایی مانند سرطان سینه، ریه و پوست مورد استفاده قرار میگیرد. این ترکیب، که دارای ساختاری پیچیده است، ابتدا در گیاه سرخدار یافت شد. حدود 20 آنزیم در بیوسنتز تاکسول نقش دارند. آنزیم تاکسادین سینتاز یکی از آنزیم های کلیدی در این مسیر است که حلقوی شدن ژرانیل ژرانیل دیفسفات و درنتیجه تشکیل تاکسادین، اسکلت اصلی تاکسانها، را کاتالیز میکند. در این تحقیق توالی آمینواسیدی و ساختار سهبعدی آنزیم تاکسادین سینتاز با استفاده پایگاههای اطلاعاتی PDB ،NCBI و Pfam و نرمافزارهای ،PredictProtein Multalign و UCSF Chimera مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج نشان داد که این آنزیم از 864 اسید آمینه تشکیل شده و وزن مولکولی آن 79 کیلو دالتون است. بیشترین درصد اسیدهای آمینه را لوسین 9/9% و کمترین درصد را سیستئین ( 2%) تشکیل میدهد. ساختار ثانویه این آنزیم شامل 42/1% لوپ LOOP 3% رشته Strand و 54/9% مارپیچ Helix پیشبینی گردید. ساختار سه بعدی آن بصورت دو زنجیره A و B با دو دمین اصلی و نیز یک موتیف مسئول اتصال کوفاکتور +2 Mg پیش بینی گردید. همچنین مشخص شد که اسیدهای آمینه شماره 756 تا 767 در جایگاه کاتالیتیکی آنزیم نقش دارند. این نتایج بیانگر شباهت ساختاری و عملکردی تاکسادین سینتاز با خانواده ترپن سینتازها است.

Keywords:

آنزیم تاکسادین سینتاز , سرخدار , تاکسول , ساختار پروتئین