نخستین بررسی ویرویید پوست پینه ای سیب در میزبان های سیب و گلابی در ایران و تعیین میزان تنوع ژنتیکی جدایه های ایرانی

ویرویید پوست پینه ای سیب، ASSVd(Apple scar skin viroid)، یکی از مخرب ترین بیماری های ویروییدی در میان درختان میوه دانه دار بوده و میتواند خسارات اقتصادی چشم گیری ایجاد نماید. علایم این بیماری شامل شکاف خوردگی، بدشکلی و خال دار شدن میوه در باغات سیب و گلابی در استان خراسان رضوی مشاهده گردید. نمونه برداری از باغات سیب و گلابی صورت گرفته و RNA از برگ های درختان با استفاده از روش به دام اندازی سلیکا (Silica capture method) استخراج گردید. ASSVd پس از انجام آزمون RT-PCR در نمونه های حاصل از این باغات شناسایی شد. محصول PCR خالص گردیده و با استفاده از ناقلpGEM®-T Easy همسانه سازی شده و پلاسمید نوترکیب حاصل توالی یابی شد. پس از انجام آنالیزهای لازم، 12 جدایه جدید این ویرویید از میزبان های سیب و گلابی در بانک ژن (NCBI) ثبت گردید. این جدایه ها طولی بین 334 -329 نوکلیوتید داشتند. آنالیز فیلوژنتیکی با استفاده از روش neighbor joining نشان داد که جدایه های ایرانی از سایر جدایه های این ویرویید مشخص بوده و در گروه جداگانه ای قرار گرفتند. تنوع ژنتیکی از طریق نشان دادن جایگاه های جهش جدایه های ایرانی بر روی ساختار ثانویه مولکول مرجع ASSVd مورد بررسی قرار گرفت. این مطالعه اولین گزارش از شناسایی و بررسی صفات ویرویید پوست پینه ای سیب در ایران میباشد.

Keywords:

, ASSVd , ساختار ثانویه , همسانه سازی , آنالیز فیلوژنتیکی