شناسایی محاسباتی فاکتورهای تنظیمی موثر در بیماری برونشیت عفونی طیور با استفاده از داده های RNA-Seq

بیماری برونشیت عفونی یکی از بیماری های ویروسی بسیار عفونی و شایع طیور می باشد. در این مطالعه به منظور درک بهترشبکه تنظیمی درگیر در بیماری برونشیت عفونی، در ابتدا ژن های با بیان بالا و مشابه با استفاده از تجزیه و تحلیل داده های یک مطالعه RNA-Seq در چهار حالت متفاوت شامل مقایسه ی بافت طحال جوجه های مبتلا به برونشیت با جوجه های سالم با غلظت پایین سرم مانوز باند شده با لکتین در سن یک هفتگی و سه هفتگی و مقایسه ی بافت طحال جوجه های مبتلا به برونشیت با جوجه های سالم با غلظت بالای سرم مانوز باند شده با لکتین در سن یک هفتگی و سه هفتگی شناسایی شد. سپس توالی پروموتری این ژ نها جهت شناسایی فاکتور های رونویسی کاندید درگیر در این مکانسیم استخراج شد. نتایج تجزیه و تحلیل پروموتری با استفاده از نرم افزار Genomatix منجر به شناسایی 61 فاکتور رونویسی کاندید جدید احتمالی موثر در مراحل تنظیمی برونشیت عفونی گردید. افزون بر این، به منظور مصورسازی شبکه های تنظیمی شامل فاکتورهای رونوویسی که ژن های مورد نظر را تنظیم می کنند از نرم افزار Cytoscape استفاده شد. بر اساس نتایج، 61 فاکتور رونویسی کاندید جدید معرفی شده در این مطالعه دارای پتانسیل مناسبی برای بررسی بیشتر در سطح آزمایشگاهی می باشند و می توانند اطلاعات جدیدی را در درک بهتر شبکه ی تنظیمی موثر در بیمار برونشیت عفونی طیور فراهم کنند.

Keywords:

شبکه تنظیمی , پروموتر , فاکتورهای رونویسی , بیان ژن