جداسازی و همسانه سازی ژن کد کننده پروتیین غیرفعال کننده ریبوزومی نوع دو از خربزه (Cucumis melo)

پروتیینهای غیرفعال کننده ریبوزوم (RIP) یکی از این مکانیسم های دفاعی است که گیاهان برای مقابله با تنش های زیستی بکار میبرند. گیاهان خانواده کدوییان دارای طیف گستردهای از این پروتیینها میباشند. در تحقیق حاضر یک RIP نوع دو از خربزه (Cucumis melo) با استفاده از پرایمرهای اختصاصی جداسازی و پس از همسانه سازی در ناقل، تعیین توالی شد. میزان مشابهت این توالی با سایر RIPهای نوع دو بررسی شد و بیشترین میزان مشابهت را با توالی RIP خربزه ثبت شده در پایگاه داده بانک ژن با 97 درصد مشابهت در توالی پروتیینی نشان داد. کمترین میزان مشابهت این توالی با جو (Hordeum vulgare) به میزان تنها 2/6 درصد بود. با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی متعدد خصوصیات فیزیکوشیمیایی و ساختاری پروتیین جداسازی شده تعیین و با سایر RIPها مقایسه شد. بر اساس نتایج بدست آمده بنظر میرسد ارقام مختلف خربزه از نظر توالی و ساختار پروتیینی RIP ممکن است با هم تفاوت داشته باشند که روی پاسخ آنها به تنش های زیستی تاثیرگذار خواهد بود.

Keywords:

تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی , پروتیین غیرفعال کننده ریبوزوم , خربزه , همسانه سازی