پروفایل بیان ژنها در ریشه گندم تحت تنش خشکی: مطالعه بیوانفورماتیکی

گندم Triticum aestivum یکی از گیاهان عمده زراعی جهان است و تنشهای غیر زنده از جمله شوری و خشکی، از مهمترین عوامل محیطی کاهش دهنده عملکرد این گیاه در بسیاری از مناطق محسوب میشوند. پروفایل بیان به عنوان ابزاری مفید برای بررسی پاسخ موجودات زنده به تغییرات محیطی در سطح رونویسی مورد استفاده قرار میگیرد. در این تحقیق با استفاده از پایگاه اطلاعاتی GEO داده های مربوط به بیان ژنهای ریشه گندم تحت تنش خشکی و شرایط نرمال استخراج و مقایسه شدند تا بدین ترتیب ژنهایی که تحت تنش خشکی افزایش و کاهش بیان داشته اند مشخص گردد. با بررسی نتایج به دست امده بیان تعداد 118 ژن در شرایط تنش به مقدار 10 واحد نسبت به کنترل افزایش یافتند . rab protein با بیشترین بیان، پس از آن 400dehydrin WZY1-1 برابر افزایش نشان داد. ژن مربوط به کنترل شوری (salt tolerant correlative) با نشان دادن 360 برابر افزایش بیان در میان ژن هایی با بیان بسیار بالا قرار گرفت. تعدادی از ژنها تحت تنش خشکی کاهش بیان نشان دادند، تعداد این ژنها به مراتب کمتر از ژن های افزایش بیان یافته بود. پایین ترین سطح کاهش بیان مربوط به (protease inhibitor-like) LOC100136980 با کاهش بیانی به مقدار 38 - در مبنای لگاریتم بود. پایین ترین کاهش بیان بعدی متعلق به (HDAC2 histone deacetylase ) LOC780626 با کاهشی در حدود - 32 در مبنای لگاریتم بود.